בית המשפט העליון אישר את חוק החנינה למתנגדי ההינתקות. הרכב מורחב של תשעה שופטים דחה עתירה שהוגשה נגד החוק בטענה כי הוא מפלה לטובה את פעילי הימין ומנוגד לעיקרון השיוויון.
שמונה שופטים - הנשיאה היוצאת ביניש, מרים נאור, אשר גרוניס, אסתר חיות, אליקים רובינשטיין, עדנה ארבל, יורם דנצינגר וניל הנדל - קבעו כי יש לדחות את העתירה. השופט סלים ג'ובראן כתב בדעת מיעוט כי יש לקבל את העתירה.
הנשיאה ביניש קבעה בפסק הדין כי אומנם מדובר בחוק אשר פוגע בזכות לשוויון בפני החוק, בקובעו הסדר של אכיפה בררנית ביחס לקבוצה מסוימת וביחס לעבירות מסוימות.
"קבוצה זו - מי שבעניינם נפתחו הליכים פליליים על-רקע התנגדות לתוכנית ההינתקות - הינה קבוצה מובחנת ומובהקת, פוליטית ואידיאולוגית, הנהנית מתמיכתו של רוב פוליטי בכנסת. בית המשפט קבע כי לצורכי אכיפתו של הדין הפלילי, אין לראות בשוני האידיאולוגי או הפוליטי של קבוצה אחת על-פני קבוצות אחרות שיקול רלוונטי להבחנה, ומכאן כי הסדרי החוק פוגעים בעיקרון השוויון", ציינה בפסק הדין.
נוכח הקביעה בדבר הפגיעה בעיקרון השוויון בחן בית המשפט אם נפגע השוויון במובנו החוקתי. הנשיאה ביניש נטתה לראות בפגיעה הנגרמת בעקבות החוק כפגיעה העולה כדי הפרת רף השוויון החוקתי, אך נקבע כי אין הכרח בנסיבות העניין להכריע באופן חד-משמעי בשאלה זו, שכן בכל מקרה עומדת הפגיעה בדרישות פסקת ההגבלה. על-פי אותה פסקה - סעיף 8 לחוק יסוד כבוד האדם וחירותו "אין פוגעים בזכויות שלפי חוק-יסוד זה אלא בחוק ההולם את ערכיה של מדינת ישראל, שנועד לתכלית ראויה, ובמידה שאינה עולה על הנדרש או לפי חוק כאמור מכוח הסמכה מפורשת בו".
השופטת מרים נאור, שהצטרפה אף היא לנשיאה ביניש, ציינה בפסק דינה כי לשיטתה יתכן והפגיעה בשוויון הנגרמת מהחלת החוק אינה עולה כדי פגיעה בשוויון במובנו החוקתי, אך הסכימה עם הנשיאה כי בכל מקרה צולח החוק את מבחני פסקת ההגבלה.
