נשיא אוניברסיטת בר-אילן, פרופ' משה קוה, והמנכ"ל היוצא חיים גליק נהגו בצורה בלתי תקינה המעלה חששות לפגיעה בטוהר המידות. יעקב נאמן, שעמד בראש הוועדה לשכר הבכירים באוניברסיטה עד מינויו לשר המשפטים, שימש במידה רבה כחותמת גומי למהלכים בלתי תקינים של קוה וגליק, וכאשר החלטות הוועדה לא נראו לקוה - הוא הביא לשינוין בדיעבד. כך קובע (יום ג', 4.12.12) מבקר המדינה, יוסף שפירא, בדוח מיוחד על אוניברסיטת בר-אילן. ממצאיו של שפירא והגדרת הדוח כמיוחד מאפשרים למשטרה לפתוח בחקירה.