תאגידים סטטוטוריים ובתי חולים ממשלתיים מעסיקים רואי חשבון לביקורת על דוחותיהם הכספיים. נוסף לכך משרדי הממשלה מעסיקים רואי חשבון בביקורות ובבדיקות שונות, לרבות ביקורת פנימית. הדבר נעשה בין היתר בביקורת דוחותיהן הכספיים של הרשויות המקומיות, בבדיקת התחשבנויות, בעבודות כלכליות ובמתן חוות דעת מקצועיות לבתי משפט.
בשנת 2005 בחן מבקר המדינה, השופט מיכה לינדנשטראוס, את סדרי העסקת רואי חשבון חיצוניים כמבקרים וכנותני שירותים נוספים למדינה.
בין היתר, נבדקו משרד הפנים, משרד הבריאות, בתי החולים הממשלתיים, ומשרד הבינוי והשיכון. נבדקו במפורט בחירת רואי החשבון, ההתקשרויות עמם והפיקוח על ביצוע ההתקשרויות; באגף החשב הכללי שבמשרד האוצר נבדקה דרך ניהולו של מאגר רואי החשבון, האמור לשרת את משרדי הממשלה.
הדוח מגלה בעיות רבות במינוי רואי החשבון המבקרים על-ידי הגופים השלטוניים. הסיבה שממנה נובעות מרבית הבעיות היא היעדר הסדר חוקי כללי שיקבע את חובת מינוי הרו"ח המבקר בידי גופים אלו. לפי המצב החוקי כיום, לא תמיד ישנה חובת מינוי שכזו, כמו כן, אין כל התיחסות לשאלה מי אמור למנותם.
היות שכך, הגופים השלטוניים עושים כטוב בעיניהם בנוגע למינוי רואה החשבון המבקר. כך למשל, הם מתמנים ע"י הנהלת הגופים והתאגידים במקום בידי גורם בלתי תלוי, דבר שיכול לגרום לתלות בין המבקרים ובין המוסד שאותו הם אמורים לבקר באובייקטיביות.
עובדה נוספת, שיש בה משום ניגוד עניינים היא קצב התחלופה של משרדי רואי החשבון ע"י התאגידים השונים.
ישנם תאגידים סטטוטוריים שהעסיקו אותו משרד רואי חשבון תקופות של עשרות שנים ברציפות: מועצת הזיתים - 41 שנה, מד"א - 33 שנה, הרשות לפיתוח ירושלים - 17 שנה, הרשות הלאומית למלחמה בסמים ואלכוהול - 14 שנה, רשות הדואר - 13 שנה, ורשות שדות התעופה - 11 שנה.
מוסדות נוספים, שנמתחת עליהם ביקורת הם בתי החולים "שיבא" בתל השומר, ו"אסף הרופא". בתי חולים אלה, העסיקו רואי חשבון בשנים 2000-2005 בלא שנחתמו חוזים חדשים עם רואי החשבון, העסקות גם לא הובאו לאישור ועדת מכרזים ולאישור החשב הכללי שבמשרד האוצר, כנדרש בתקנות חובת המכרזים.
לינדנשטראוס, לא חוסך את שבטו גם ממנהל רשות החברות הממשלתיות והחשכ"ל, שהיו אמורים מכוח החלטת ממשלה באוגוסט 2004, להגיש לוועדת שרים הצעה מתואמת בעניין בחירה והעסקה של רואי חשבון מבקרים בתאגידים הסטטוטוריים. כמו כן, היו השניים אמורים בסיוע נציג היועמ"ש לגבש הצעה לתיקוני החקיקה הנדרשים בסוגיה זו. ואולם, השניים לא עשו את המוטל עליהם ותרמו להמשך האנרכיה.
המבקר קורא לשינויי חקיקה מהירים שיעשו סדר בבלאגן: "על הגורמים הנוגעים בדבר, ובעיקר משרד המשפטים ומשרד האוצר, לגבש לאלתר הסדר למינוי ולהעסקה של רואי חשבון מבקרים לתאגידים סטטוטוריים ולבתי חולים ממשלתיים, ובמקום שהדבר נדרש - להציע שינויי חקיקה בהתאם. בקביעת ההסדר יש למצוא איזון בין הצורך להחליף את רואי החשבון לאחר תקופה שתיקבע - זאת על-מנת לשמור על אי-תלותם בגופים המבוקרים ולהבטיח ריענון הראייה הביקורתית - מחד-גיסא, ולהימנע מתחלופת רואי החשבון בתדירות גבוהה מדי שגורמת, בין השאר, לתוספת עלויות עקב הצורך של רואה החשבון ללמוד נושא חדש, מאידך-גיסא".
