בג"צ דחה (ג', 11.7.06) את עתירת התנועה לאיכות השלטון שטענה כי אין להפלות לטובה את רשתות החינוך העצמאי ומעיין החינוך התורני, אשר מקבלות תקצוב בדומה למוסדות החינוך הממלכתי, ואשר לטענת התנועה, מפלה בין רשתות אלה ובין יתר מוסדות החינוך המוגדרים כ'חינוך מוכר שאינו רשמי'. השופטים ג'ובראן, ברלינר וביניש, קבעו, כי בניגוד לטענת התנועה, הרי שתקצוב הרשתות מתקיים לפי חוק יסודות התקציב ואין בו כל פסול.
כל ילד בישראל בין הגילאים 15-3 זכאי ללמוד וחייב ללמוד, כאשר בהוצאות חינוכו נושאת המדינה. זאת לאור, חוק לימוד חובה שנחקק בשנת 1949. החוק, הבחין בין מוסדות חינוך רשמיים למוסדות חינוך מוכרים שאינם רשמיים. כאשר, החקיקה המאוחרת יותר הכירה במוסדות החינוך הממלכתי והממלכתי-דתי כמוסדות רשמיים.
לצדם של אלה, מתקיימים 'מוסדות מוכרים לא רשמיים', כאשר, קיומם של אלה נותן ביטוי להכרה בזכותם של הורים להקים או לבחור לילדיהם מסגרות לימוד אחרות, ובלבד שגם מסגרות אלה תהיינה מפוקחות על-ידי המדינה ברמה מסוימת, הן באשר לתוכניות הלימוד והן באשר לתנאים הנלווים.
באשר לתקצוב המוסדות השונים, נקבע בבג"צ בעבר כי ישנו הבדל ברור בין המוסדות הרשמיים ובין המוכרים שאינם רשמיים. "אלה זכאים למימון מלא מתקציב המדינה ואלה אינם זכאים למימון מכוח חוק", קבע בית המשפט.
בחוזר שהפיץ מנכ"ל משרד החינוך בשנת 2003, נקבע כי תקצוב רשת החינוך העצמאי - של אגודת ישראל, ושל רשת מעיין החינוך התורני של שס - "יהיה סך כל תקציבי השעות המוענקים לילדים הבאים בשעריהם בתנאי שיקיימו מדיניות רישום אינטגרטיבית".
התנועה לאיכות השלטון עתרה על כך לבג"צ וטענה כי זהו הסדר המפלה לטובה את תלמידי שתי הרשתות הללו. כמו כן, טענה התנועה, כי זהו יישום לא נכון של חוק יסודות התקציב המסדיר את תקצוב המוסדות הלא רשמיים.
העותרים הפנו לסעיף בחוק יסודות התקציב הקובע כי מעיין החינוך התורני והחינוך העצמאי "יתוקצבו בתקציב משרד החינוך למטרות חינוך בלבד לפי אמות מידה לשני התאגידים ועל-פי קריטריונים אחידים ושוויוניים כמו לכלל ילדי ישראל", כאשר לטענתם, הפרשנות הנכונה של הסעיף היא כי תלמידי הרשתות הללו יקבלו תקצוב בדומה לאלו הלומדים ביתר המוסדות הלא רשמיים ולא בדומה לאלו שבמוסדות הרשמיים.
מנגד, טענו נציגי רשתות החינוך כי משמעות הביטוי 'כלל ילדי ישראל' הינו רוב ילדי ישראל, שלומדים במוסדות הרשמיים ולפיכך יש להשוות את תקציב הרשתות לתקציב המוסדות הרשמיים.
לטענה זו, השיבה התנועה לאיכות השלטון, בלגלוג. "ישנה הבחנה ברורה בין המילה רוב לבין המילה כלל... האות כ' והאות ר' הם בשני כרכים של אבן שושן", נכתב בתגובת התנועה לבג"צ.
אולם, השופטת, דבורה ברלינר, שכתבה את פסק הדין העיקרי, דחתה את טענות התנועה על הסף, תוך שהיא מלמדת את נציגי העותרים שיעור בדקדוק ולשון. "כיוון שבא-כוח העותרת הפנה למילון - פניתי אף אני למילון", פותחת ברלינר את השיעור הלשוני נוסח אבשלום קור, "את הפרשנות המילונית ניתן ללמוד מצירופי מילים בהם מצויה המילה כלל, לרבות הוספת אותיות בכל"מ לפני המילה. כך למשל פירוש הניב 'בדרך כלל' - הוא 'ברוב המקרים".
היות שכך, נקבע על-ידי שלושת השופטים, כי תקצוב רשתות החינוך העצמאי ומעיין החינוך התורני בדומה לתקצוב המוסדות הרשמיים בדין יסודו והגם שיש בו משום העדפת רשתות אלה אל פני מוסדות חינוך לא רשמיים אחרים, הרי שאין בכך כל פסול.
