בדוח מבקר המדינה המתפרסם (יום ב', 4.12.06), ישנו פרק שאינו מונח על שולחן הכנסת במלואו ורק עיקרי הסיכום שלו מפורסמים. זאת, כך נכתב, לשם שמירה על בטחון המדינה. הפרק דן בהתנהלות פרויקט מסוים, שעוסקים בו מספר משרדי ממשלה.
ממצאי הדוח מצביעים על מחדל בהיערכות למניעת כשל משמעותי. הכשל הארגוני נובע בראש ובראשונה מהתנהלות בלתי יעילה ומאי מימוש של הנחיות ראש הממשלה דאז, אריאל שרון, מ-2002 ומ-2003. על אף הדחיפות הניכרת במתן המענה, חל עיכוב ניכר של כשנתיים. משרד מבקר המדינה טוען כי תנאי להצלחת הפרויקט הוא תקצוב מראש של המשאבים עבור הפרויקט, וקביעת תהליך יעיל לביצועו ולפיקוח עליו, דבר שלא התקיים בפרויקט זה.
משרד המבקר מציין כי על-פי הגדרותיו של אריאל שרון מ-2003, האחריות הכוללת לפרויקט הוטלה על משרד התחבורה, ובהתאם לכך התיאום בין גורמי הביצוע הם פועל יוצא מאותן הגדרות, ואחריות התקצוב הוטלה על משרד האוצר. בדוח המבקר מצוין כי "אשר על כן, לפתחם של ראשות שני משרדים אלה רובצת הבעיה והם הנושאים באחריות ובמחויבות להגיע בדחיפות לפתרונות הנדרשים ולהסרת המכשולים ליישומם, ויפה שעה אחת קודם".
