התגברות האיומים כלפי ישראל אינה מעמידה בסכנה את מי השתייה במוביל הארצי. הסיכוי להרעלת המים אפסי, שכן דחיסת חומר רעיל, לרבות חומר ביולוגי, למים הזורמים בלחץ כה אדיר אינה אפשרית. המקומות שבהם חשופים המים אינם מהווים סיכון גם כן, שכן אין מדובר במי שתייה, וקודם לכניסת המים אל המוביל הם עוברים בדיקה וסינון.
מה שכן יכול להוות סכנה הוא התבקעות של צינורות בעת רעידת אדמה חזקה. מים בלחץ עז המוזרמים בצינורות בקוטר של שלושה מטרים עשויים לגרום להצפות. עם זאת, תוואי ההסתעפות של המוביל הארצי תוכנן מלכתחילה באופן שזרימת המים לא תגיע למקומות מאוכלסים ותציף שטחים פתוחים בלבד. במקורות אומרים שתיקון בקע מסוג זה עשוי להימשך כשבועיים-שלושה.
בימים אלו מתחדשת בהדרגה שאיבת המים מהכינרת והזרמתם למוביל הארצי. במשך שבועות אחדים הופסקה השאיבה לצורך עבודות שיפוץ. מקורות חיברה קו המיועד להעברת מים מותפלים ממתקן התפלה חדרה למוביל הארצי. עבודות התשתית כללו החלפת מקטע צינור מרכזי ממערכת המוביל הארצי וחיבור קו המים המותפלים ממתקן ההתפלה חדרה, שצפוי להיכנס לפעולה במהלך שנת 2009. מתקן התפלה זה יהפוך מי-ים למי-שתייה. טעמם של המים יהיה שונה, אך איכותם תהיה ראויה לשתייה.
במהלך העבודות התבצעה אספקת המים במפעל הארצי בעיקר מהפקות מקומיות מאקוות ההר ומאקוות החוף. עבודות ההכנה לחיבור הקו כללו: תכנון קפדני, ניקוז הקו ואספקת מים באמצעות מערכות חלופיות, החלפת קטע קו בטון בקוטר "108 לקו פלדה באורך של כ-120 מטר. עבודות ההכנה כללו שימוש בטכנולוגיה ממוחשבת, מתקדמת וחדשנית לבדיקה וחיזוי מצבו המכני של קו "108 "במוביל הארצי". הטכנולוגיה מאפשרת ביצוע בדיקה מהירה לכל אורך הקו בטווח קצר, על-ידי ציוד ייעודי הנע בתוך הקו ומבצע בדיקות שונות.
יושב-ראש מקורות אמר כי עבודות התשתית שילבו שיטות ביצוע מתקדמות, טכנולוגיות חדשניות ונוהלי עבודה קפדניים על-מנת למנוע פגיעה כלשהי במתקנים הקיימים וכדי להבטיח את המשך תפקודם התקין. לדברי אלי רונן, החברה שבראשה הוא עומד ניצלה את ההפסקה גם לביצוע עבודות אחזקה במתקני המוביל הארצי, המתקיימות מדי שנה בתקופה זו.
בשל ההפסקה הארוכה בהפקת המים מהכנרת, בוצעו השנה מספר רב של עבודות בהיקף נרחב, אשר אינן ניתנות לביצוע בזמן אספקת מים שגרתית. את עבודות ההכנה והתחזוקה ביצע חבל הירדן של "מקורות" סביב השעון.
