לקפה יש היסטוריה ארוכה של "האשמות" במחלות רבות - מההומוריסטיות שבהן המזהירות כי "קפה יעצור את הגדילה" כשמדובר בשכנוע ילדים צעירים להימנע מהמשקה, ועד לאלו שפחות מצחיקות הטוענות כי הוא גורם למחלות לב וסרטן.
מחקרים שנעשו לאחרונה הראו כי הקפה לא כל כך מזיק אחרי הכל. אם כך, האם הוא מועיל לבריאותנו או מזיק לה? התשובה הטובה ביותר עשויה להיות: הוא אינו מזיק והוא עשוי להועיל.
כדי להבין מהכין נובע הבלבול כדאי להתייחס לשני מחקרים עדכניים. מחקר אחד כלל 128,000 גברים ונשים והראה כי אין עלייה בסיכון למחלות לב משתייה של קפה מסונן. ממצאי המחקר - שפורםם במאי 2006 בעיתון "Circulation " הצביעו על כך שאין משמעות לכמות הקפה ששתו המשתתפים.
מחקר נוסף כלל 4,000 "שותי קפה" ופורסם בחודש מרס 2006 בעיתון של איגוד הרפואה האמריקני. המחקר גילה כי שתי כוסות קפה או יותר ביום עלולות להעלות את הסיכון למחלות לב בקרב אנשים עם מוטציה גנטית ספיציפית - ושכיחה למדי - המאיטה את התפרקות הקפאין בגוף.
יש לציין כי לתכנון המחקר עשויות להיות השפעות מסוימות על פרשנות תוצאותיו וזו סיבה נוספת למסקנות השונות. בסה"כ, על סמך הסקירה של המחקרים ניתן להסיק כי קפה מהווה מעט מאוד איום, אם בכלל, על אנשים בוגרים בריאים.
למרות זאת לא רצוי להתעלם מהפתגם הנושן "כל דבר במתינות". למרות שקפה אינו מזיק כנראה, משקאות אחרים כמו חלב ומיץ מכילים חומרים תזונתיים חשובים שקפה אינו מכיל. בנוסף, כדאי לזכור כי קיים שוני בין סוגי קפה שונים, כמו קפה עם חלב, וקפה עם תוספות אחרות הכולל סוכר, ומוסיף לנו קלוריות ושומן.
כמו כן יש לזכור את הקפאין. עבור רוב האנשים, הקפאין הקיים בשתיים שלוש כוסות קפה מבושל (כ-200-300 מיליגרם) אינו מזיק. עם זאת, שימוש כבד יומי בקפאין - כ-4-7 כוסות קפה - עלול לגרום לבעיות כמו חוסר שקט, חרדה, עצבנות, נדודי שינה, כאבי ראש ובעיות בריאות אחרות.
לגבי השפעות בריאותיות אחרות של הקפה, ישנן מספר ראיות המראות כי שתיית קפה עשויה להגן מפני סוכרת מסוג 2 וסרטן המעי הגס. אך קיימות ראיות רבות הרבה יותר להשפעה מגנה מפירות, ירקות ודגנים מלאים מאשר מקפה.