היחידה לחקירות הונאה במשטרה, ממליצה להגיש כתב אישום כנגד פעילים במפלגת העבודה, בגין עבירות לכאורה בפרשת העמותות - במהלך הבחירות ב-1999.
מאידך, נמנעה המשטרה מהמלצה להגיש כתב אישום כנגד ראשי המרכז שביצעו עבירות לכאורה, ובהם: חברי הכנסת אותה עת אמנון ליפקין-שחק, יצחק מרדכי ורוני מילוא.
החקירה נפתחה בעקבות דוח מבקר המדינה, שהעלה חשדות לביצוע עבירות פליליות במהלך תקופת הבחירות לכנסת ה-15. החקירה התנהלה בפיקוחה של ראש היחידה תנ"צ מירי גולן.
החקירה נמשכה יותר משנה. במהלכה גבו החוקרים עדויות מעשרות אישים במפלגת המרכז, ובהם אמנון ליפקין-שחק, רוני מילוא ויצחק מרדכי. במהלך החקירה התגלו ראיות לביצוע עבירות מצד אישים אלה, בהיקף כולל של עשרות מיליוני ש"ח. אישים אלה הוזמנו שוב שוב למסור עדות. ואולם כאמור, למרות זאת, נמנעת המשטרה מהמלצה להעמידם לדין.
המשטרה מסרה היום (יום א', 12.8.01), כי במהלך החקירה עלה חשד לביצוע עבירות מצד פעילים בפלגת המרכז. העבירות בהן מדובר: קבלת תרומה אסורה, הצהרה כוזבת על-פי חוק מימון מפלגות, התשל"ג-1973, וכן חשד לביצוע עבירות של קבלת דבר המירמה, מירמה והפרת אמונים בתאגיד ורישום כוזב במסמכי תאגיד.
המשטרה מסרה עוד, כי "על-פי ממצאי החקירה גובשו המלצות להגיש כתב אישום נגד מספר פעילים של העמותות, בגין העבירות הנ"ל, אך לא כנגד מי מבכירי המפלגה ונבחריה".