בהחרפה נוספת ביחסים, טורקיה מקפיאה את כל ההסכמים הצבאיים עם ישראל, מלבד במגזר הפרטי, כך מדווח העיתון הטורקי "זמאן".
לפי הפרסום, המועצה ליישום הסכמים של התעשיה הביטחונית התכנסה אמש (ד', 16.6.10) כדי לדון בסוגיית הפרויקטים וההסכמים המשותפים שיש בין ישראל וטורקיה, כאשר בראש המועצה ישב ראש הממשלה, רג'פ טייפ
ארדואן. המועצה החליטה להקפיא 16 פרויקטים ביטחוניים בין שתי המדינות בעלות של מיליארדי דולרים. ההחלטה מגיעה בעקבות חוסר רצונה של ישראל לשלם פיצויים או להתנצל על הפשיטה הצה"לית על ה'מאווי מארמרה', כך לדברי העיתון.
בין הפרויקטים שהוקפאו, לפי הדיווח, ניתן למצוא עסקת שדרוג מטוסים וטנקים בשווי 757 מיליון דולר, וכן פרויקט טילים מסווג בשווי 1.5 מיליארד דולר. כמו-כן, עסקת מכירה של 1,000 טנקי מרכבה סימן 3, בשווי 5 מיליארד דולר, הוקפאה אף היא. בנוסף להקפאת הפרויקטים הביטחוניים, טורקיה החליטה שלא לשתף פעולה בתמרונים צבאיים או תרגילים משותפים. טורקיה לא תשלח את טייסיה לאימונים בישראל, והשטח האווירי מעל המדינה, כך לפי הדיווח, ייסגר לתנועת מטוסי חיל האוויר הישראלי.
שר המסחר הטורקי הודיע כי העיצומים הללו לא יוטלו על המגזר הפרטי. כל החברות העסקיות אשר רוצות לנהל עסקים ביטחוניים או אחרים עם ישראל מוזמנות לעשות כן, לדבריו, אולם אם יחליטו לבטל את ההסכמים הן תקבלנה פיצויים הולמים.
על ישראל להתנצל ולהסכים לחקירה בינלאומית במהלך ביקורו של הנשיא, עבדאללה גול, ל
קוריאה הדרומית, הוא הודיע כי טורקיה מכינה חבילת עיצומים שיוטלו על ישראל. בין היתר, אם ישראל לא תשלח נציג לוועדת חקירה מטעם האו"ם, טורקיה לא תשיב את השגריר שלה לתל אביב, וכן לא תכיר בוועדת החקירה הישראלית לבדיקת אירועי המשט. מכאן והלאה, טורקיה תנסה לבודד את ישראל ברמה המדינית הבינלאומית.
החלטת המועצה מסמלת החרפה חמורה ביחסים בין ישראל וטורקיה לאור אירועי המשט. מאז פשיטת חיילי השייטת על ספינת ה'מאווי מארמרה' בלב ים, בה נהרגו שמונה טורקים ואזרח אמריקני ממוצא טורקי, היחסים בין ישראל ובין טורקיה מהלכים על חבל דק. חלק מאמינים כי זהו ניסיון של ארדואן להתקרב אל העולם הערבי ולמעצמות האזור, ולבסס את טורקיה כמנהיגה במזרח התיכון. אחרים סבורים כי זהו שינוי משמעותי במדיניות שמוביל ארדואן, כאשר הוא מבסס את עצמו כמתווה דרך איסלאמית פונדמנטליסטית קיצונית.
לעת עתה, החלטת המועצה על הקפאת היחסים הצבאיים בין ישראל מהווה מכה כלכלית לא פשוטה לישראל, אשר לה ולטורקיה שיתוף פעולה כלכלי נרחב מזה שנים ארוכות. המועצה סייגה את דבריה והודיעה כי תהיה מוכנה לשנות את החלטתה בתנאי אחד- על ירושלים להכיר בוועדת חקירה בינלאומית ולהתנצל רשמית בפני טורקיה על אירועי המשט.
