פרקליטות המדינה הביעה חשש כי הקמת ועדת חקירה לבחינת מימון ארגוני שמאל עלולה לפגוע בזכויות יסוד של אזרחים ישראלים.
בתשובה לעתירה שהגישו פעילי שמאל נגד היועץ המשפטי לממשלה נגד החלטת הכנסת להקמת ועדת חקירה פרלמנטרית לבחינת מימון ארגוני השמאל נכתב כי לא ניתן להתעלם מן "האפקט המצנן" שעלול להיות לוועדת חקירה שכזו על זכויות יסוד כגון
חופש הביטוי, חופש המצפון וחופש ההתאגדות.
נציגת הפרקליטות, עו"ד שרון רוטשנקר, טענה כי יש לדחות את העתירה בכל הנוגע ליועץ המשפטי לממשלה. זאת, מכיוון שמדובר בגוף פנימי של הכנסת, וכי החלטה על הקמת הוועדות אינה נוגעת להפעלת סמכות כלשהיא מצד הממשלה או היועץ המשפטי לממשלה.
עוד ציינה כי מליאת הכנסת טרם אישרה סופית את הקמת הוועדה וכי חזקה על מליאת הכנסת שתביא בחשבון את הפגיעה בזכויות האזרח בבואה לאשר או לשלול את הקמת הוועדה.
לדבריה, גם אם תאושר הוועדה, הרי שמדובר בוועדה בעלת סמכות מוגבלת, שאינה יכולה לחייב עדים להופיע בפניה, ושהמסקנות שלה משמשות בעיקר כבסיס לדיון ציבורי או תשתית לחקיקה.
