יוסץ צ'חנובר, הנחשב מזה שנים רבות לאחד הבכירים במערכת הביטחון בישראל, שימש נציגה של ישראל בפאנל של ועדת פאלמר. צ'חנובר המליץ לראש הממשלה לאמץ את הדוח, אך הביע הסתייגויות מחלקים אחרים בדוח. המלצותיו התקבלו. להלן סיכומו והסתייגויותיו (ציטוט):

כנציגה של מדינת ישראל בפאנל הזה, אני מצטרף ליו"ר ולסגנו באימוץ הדוח. ישראל מעריכה את העבודה החשובה של הפאנל ומודה לסר ג'פרי פאלמר ולמר אלוורו אוריבה על הנהגתם. מאמציהם צריכים לשגר מסר לקהילה הבינלאומית שיש צורך לבדוק את כל הצדדים אם יש ויכוח, ולהימנע משיפוט מוקדם של אירועים לפני שכל העובדות ידועות.

לישראל הסגות לגבי מספר נקודות בדוח כפי שמצוינות להלן, אך היא מברכת על קבלת ההשקפה הישראלית ש"הסגר הימי היה חוקי" שהוא "הוחל כאמצעי ביטחון לגיטימי כדי למנוע הכנסת נשק לעזה דרך הים", שאכיפת הסגר "עמדה בדרישות החוק הבינלאומי", ושלישראל הייתה "זכות לעלות ולבצע חיפוש בכלי השיט ואף להחרים אותו אם נמצא כמפר את הסגר", כולל במים בינלאומיים. הדוח, שמעלה תהיות מוצדקות לגבי "התנהגותם, טבעם האמיתי ומטרותיהם של מארגני המשט, במיוחד IHH", מציין שהם תכננו "מראש להתנגד באופן אלים לכל ניסיון לעלות על הסיפון" ומגדיר את ההחלטה לפרוץ את הסגר כ"פעולה מסוכנת ופזיזה" ש"הייתה בה פוטנציאל להסלמה מיותרת". ישראל מחשיבה גם את תמיכת הפאנל בעמדתה מזה שנים רבות, ש"על כל הארגונים ההומניטריים שרוצים לסייע לאוכלוסיית עזה, לעשות זאת בהליכים המקובלים ודרך המעברים היבשתיים המיועדים לכך, תוך תיאום עם ממשלת ישראל ועם הרשות הפלשתינית".

יחד עם זאת, ישראל אינה מסכימה עם תיאורו של הפאנל שההחלטה לעלות על הספינות נעשה באופן "מופרז ולא מתקבל על הדעת". לפאנל סופקו ראיות לאזהרות החוזרות ונשנות שניתנו לספינות בנוגע לכוונות לעלות על סיפונן. ישראל סבורה שהפאנל לא שקל מספיק את ההגבלות המבצעיות שקבעו את אופן העלייה לכלי השייט לרבות הצורך בהשתלטות מוסווית שנועדה להפחית למינימום את הסיכון להתנגדות על הסיפון.

באשר לפעולותיהם של החיילים, בהקשר להחלטות הפאנל בנוגע להתנגדות שבה נתקלו החיילים כשעלו על סיפון ה"מאווי מרמרה", ברור שהייתה סכנת חיים ממשית ומיידית. לדוגמה, הפאנל מציין כי "חיילי צה"ל נתקלו ב התנגדות אלימה, משמעותית ומאורגנת מקבוצה של נוסעים כאשר עלו על סיפון ה'מאווי מרמרה'". הפאנל אימת את העובדה שקטעי וידאו הראו שהנוסעים לבשו "אפודי מגן חסיני ירי, ואחזו במוטות ברזל, קלעים, שרשרות ואלות" ושמידע זה "תומך בדיווחים על אלימות מפי חיילי צה"ל בחקירה הישראלית". הפאנל אישר עוד ש"שני חיילים נורו", "שלושה חיילים נתפסו וסבלו התעללויות והיו בסכנה" וש"שבעה חיילים נפצעו בידי נוסעים, חלקם באורח קשה".

לאור נסיבות אלה, החיילים הישראלים פעלו בבירור מתוך הגנה עצמית, והגיבו בצורה סבירה, באופן יחסי ותוך ריסון, כולל שימוש באמצעי אל-הרג כאשר היה אפשרי. תיאור הפאנל את הנסיבות שהובילו לתשעת ההרוגים על סיפון ה"מאווי מרמרה", אינה לוקחת בחשבון במידה מספקת את המורכבות של מה שהיה בבירור מצב לחימה כאוטי. במצב כזה, קשה מאוד, ואף בלתי אפשרי, לשחזר את השתלשלות האירועים באופן מדויק. נוכח הלחימה פנים מול פנים שהתרחשה בבירור על סיפון כלי השיט, פציעות מטווח קצר אינן מצביעות בהכרח על מעשה בלתי תקין של החיילים הישראלים.

הטיפול הישראלי במאות משתתפי המשט לאחר ההשתלטות על הספינות הייתה סבירה ועמדה בסטנדרטים בינלאומיים. ההסתמכות על הצהרותיהם של כמה מהנוסעים שהוצגו בדוח הטורקי כעדות לכך שבוצעו מעשי עוולה היא בעייתית במיוחד. ישראל הביעה ספקות אמיתיים לגבי אמיתותן ומהימנותן של חלק מההצהרות האלה.

למרות כל זאת, ישראל מכירה בהיסטוריה המשותפת, בידידות האמיצה בת מאות שנים, ובשיתוף הפעולה בין העם הטורקי לעם היהודי, ומקווה שעבודת הפאנל בחודשים האחרונים תסייע לישראל ולטורקיה למצוא שוב את הנתיב לשיתוף פעולה.