מ-2006 חלה עליה של יותר מ-40% במחיר השמן לכל סוגיו, כאשר בשמן הזית חלה עליה של 8% מ-2007 ל-2010. כך עולה (יום ג', 27.12.11) על-פי מחקר חדש של מכון ירושלים לחקר שווקים.
עוד עולה מהמחקר כי המחיר הממוצע של שמן זית בארץ עומד על כ-38 שקל ל-750 מ"ל. זאת, כאשר במדינות אירופה כמו בריטניה המחיר הינו כמחצית (כ-23 שקל) עבור כמות גדולה יותר של 1 ליטר. כמו-כן, המחיר גבוה פי שלושה מספרד ויוון הנחשבות ליצרניות שמן גדולות. הפער בין מוצרי השמן השונים בארץ לעומת חו"ל מגיע עד למאות אחוזים.
כלכלנית המכון, קרן הראל-הררי, טוענת כי שורת כשלים ובעיות החלו בענף שמן הזית לפני שנים: "בעבר כבר הונפקו תוויות איכות לשמן זית כתית, בלי מנגנון ביקורת מסודר. לאחר מכן התגלה שמועצת הזיתים, שהייתה אמונה על הנושא, הנפיקה 'חותמת איכות' לשמן זית פחות איכותי משמן הזית הכתית, ונמנעה מלפרסם את ההבדלים בין השמנים.
מבקר המדינה כבר דן בבעיות כגון אלה".
יש לציין, כי גם היום יש חשש להטעיית הציבור ולזיופים כאשר על-פי נתוני משרד הבריאות מנובמבר 16 חברות מכרו שמן זית שלא עמד בתקן הישראלי. בהתאם לכך, פרסמה הרבנות הראשית בחנוכה אזהרה משמנים שנמהלו עם שמן נוסף.
הראל-הררי מסבירה גם את מחירו ה"מנופח" של שמן הזית בארץ, בהסתמך על מסמכים משפטיים של עתירת חברת זיתא. היא מציינת שהממשלה גורמת לכך שהמחיר בארץ גבוה פי שתיים עד שלוש מארה"ב ואירופה. כך, המחיר המומלץ - לפיו נוהגים למכור המגדלים את תפוקת זיתי השמן ליצרני שמן זית בישראל - נע בטווח של 18 עד 21 שקל לק"ג שמן זית - מחיר הנחשב גבוה בהשוואה בינלאומית. אומנם המדינה קובעת מכסות יבוא פטורות ממכס (כ-1,200 טון חומר גלם בשנה), אך אלה מותנות ברכישה של שמן זית מייצור מקומי, צעד המשאיר את המחיר ברמתו הגבוהה. כמו-כן, קיימות מכסות נוספות ("וולונטריות") במכס מופחת (בכמות של עד 2,000 טונות באריזות העולות על 750 ק"ג) אך נראה כי אין נהלים קבועים בדבר אופן חלוקת המכסות ומועדן.
קרן הראל-הררי טוענת: "המחירים הגבוהים הם תוצאה ישירה של מדיניות מוטעית של הממשלה. לעומת מדינות אחרות המעודדות יבוא, נראה כי בישראל מערימים קשיים. המכסות הפטורות ממכס נותנות העדפה ליצרנים המקומיים, ומתנות את הייבוא בקנייה מקבילה של חומרי גלם מקומיים, דבר המפחית מההטבה הגדולה של המכסה. זאת בניגוד למגמה העולמית בה מדינות מגדילות את כמויות הייבוא של שמן הזית".
כך, בתקופה שבין אוקטובר 2010 ליולי 2011, חל גידול ביבוא שמן הזית של מדינות האיחוד האירופי ב-12% כאשר באוקטובר 2010 עד אוגוסט 2011 - סך היבוא של ברזיל גדל ב-23%, של קנדה ב-7% ושל ארה"ב ב-9%.
צמצום וביטול מכסים על שמן מיובא
המכון ממליץ על צמצום וביטול המכסים על שמן המיובא ארצה, לכל הפחות על הכמויות המהוות השלמה של הפער בין הביקוש המקומי לכמות חומר הגלם תוצרת הארץ. בנוסף, המכון ממליץ על הגדלת הכמויות המיובאות ארצה, בדומה לנעשה בארה"ב בשני העשורים האחרונים. המכון גם דורש קביעת נהלים מפורטים לקביעת המכסות השנתיות ואופן חלוקתן - אשר יפורסמו באתר משרד התמ"ת. עוד מומלץ על חלוקת סמכויות מסודרת של משרדי הממשלה והגופים השונים העוסקים בנושא (החקלאות, התמ"ת ומועצת הצמחים). בנוסף, כדאי לבטל את העדפת היצרנים המקומיים במתן מכסות במכס מופחת, כמו גם לבטל את התניית קבלת המכסות ברכישת חומר גלם מהיצרן המקומי. כנגד החשש לזיופים, המכון ממליץ כי יאמצו את את התקינה הקיימת במדינות המערב עוד משנות ה-90, לפיה יש שורת קריטריונים והגדרות שבקבוק שמן הזית צריך להכיל.