ישראל היום נקט בעמדה שלילית חד-משמעית וחד-צדדית נגד הרופאים המתמחים לאורך כל תקופת מחאתם. בעיתון נמתחה ביקורת רבה על התנהלותם של המתמחים, על פגיעה בציבור החולים בישראל ועל בזיון בית המשפט. כך עולה מבדיקה שערכו הח"מ במסגרת עבודה סמינריונית במכון טל של בית הספר הגבוה לטכנולוגיה בירושלים.
בעבודה מוצגות דוגמאות רבות לחד-הצדדיות של ישראל היום לאורך חודשי הסכסוך, והן משותפות לכל הכותבים: הפרשן הבכיר
דן מרגלית, כתב הבריאות רן רזניק ואחרים. כך למשל כתב רזניק ב-5.8.11: "הרופאים המתמחים טיפסו אתמול על עץ גבוה מדי במאבק שלהם שבחלקו כבר הפך אתמול להיות מנוגד ניגוד גמור לטובת בריאות אזרחי מדינת ישראל. אם הם ימשיכו במאבק שלהם באופן הזה, הם עלולים לא רק לאבד את תמיכת עמיתיהם הרופאים המומחים אלא גם את התמיכה והחיבוק של הציבור".
כעבור עשרה ימים כתב רזניק: "מדהים לדעת שהכעס של הרופאים המתמחים כוון, בין היתר, נגד הסכמות שכללו שורה של שיפורים משמעותיים בקנה מידה היסטורי לטובת שכר הרופאים בפריפריה בנגב ובגליל, וכן שיפור משמעותי בקידום איכות הטיפול לאזרחים. חלק מהרופאים המתמחים העזו לדרוש בשבוע שעבר שלא ייחתם הסכם עם הרופאים בלי להפעיל רפואה פרטית בבתי החולים הציבוריים - שמשמעותה צעד הרסני של הפרטת מערכת הרפואה הציבורית בישראל".
ב-1.9.11 הצטרף אליו מרגלית, בכותבו על ההתפטרות הקולקטיבית של המתמחים: "ייתכן כי אין כל עבירה במעשם. אך יש בפרישה המאורגנת משהו החורג באורח מהותי ממה שמצופה מאנשים צעירים אשר הציבור כה מוקיר עד שהוא מפקיד את גורלו בידיהם, לחיים או למוות". לדבריו, המתמחים לא מוכנים לכבד את ההכרעה שהתקבלה במו"מ הקיבוצי ו"זה שיעור האזרחות ששכחו ללמד בפקולטה לרפואה באוניברסיטה".
איבוד הצפון ואיבוד המצפון ב-18.11.11 הציעה נשיאת בית המשפט העליון,
דורית ביניש, למתמחים לחזור מיד לבתי החולים ולקיים הידברות אינטנסיבית עם המדינה. הרופאים המתמחים העזו להשיב להצעה זו בשלילה, טוען רזניק, שאינו מבין איך דחו הרופאים את ההצעה ההגיונית של השופטת הבכירה ביותר בישראל. לדבריו, מדובר כאן בשילוב של איבוד הצפון ואיבוד המצפון, שהרי כל הרופאים שנוטשים את בתי החולים כבר נשבעו בשבועת הרופא, אולם הם כבר הספיקו לשכוח את השבועה הזו והם פועלים כ"שיכורי כוח שלא מהססים הלך אימים על חיי הציבור ועל בריאותו".
עם סיום המאבק, ב-8.12.11, כתב
חיים שיין שהייתה זו "שביתה שלוותה בתרועת חצוצרות ומסתיימת בקול דממה דקה... בסכום של 150 מיליון שקלים קיבלו אזרחי ישראל תשע שנים של שקט בריאותי". לדבריו, לא בטוח שהייתה הצדקה להשבתות שפגעו בחולים, ביחסי העבודה במשק ובתדמיתה של ישראל.
