חקירתו הראשית של ש"ד תימשך שלושה-ארבעה ימים בלבד לאחר הפגרה. כך מסרה (יום ה', 5.7.12) התובעת במשפט
הולילנד, עו"ד ליאת בן-ארי שווקי. קודם לכן הודיעה, כי היא מעריכה שבארבעת ימי הדיונים שנותרו עד הפגרה, יסיים ש"ד להעיד על פרשת הולילנד, כך שאחריה יעיד על פרשות הזרע ותעשיות מלח. לפיכך, החקירה הראשית תהיה קצרה מהצפוי, אם כי החקירות הנגדיות יהיו ארוכות ממנה בהרבה.
השופט
דוד רוזן אמר, כי להערכתו אין צורך בהעדתם של יותר מ-40-30 עדים מתוך קרוב ל-400 עדי התביעה המופיעים בכתב האישום. בן-ארי ציינה שלמעלה מ-100 מתוכם הם אנשי החקירות, ורוזן השיב שאם לא מתנהל משפט זוטא - אפשר לוותר על כולם בהסכמה בין התביעה להגנה. סניגורו של
אהוד אולמרט, עו"ד
רועי בלכר, העיר: "אם יש חוקר שחושב שעד המדינה מזייף מסמכים תוך כדי חקירתו, נרצה לשמוע את זה ממנו". רוזן השיב: "אם יש חוקר שאתם תחשבו שהוא עד זהב - ודאי שלא נמנע זאת מכם".
רוזן ביקש תחילה לזמן לעדות לשעות אחר-הצהריים, לאחר עדותו של ש"ד, עדים שאינם נוגעים לעד המדינה. התביעה אמרה שאיתרה 14 עדים כאלו, אך הצטרפה לבקשת הסניגורים להימנע משמיעת עדויותיהם. סניגורה של
שולה זקן, עו"ד עפר ברטל, וסניגורו של
הלל צ'רני, עו"ד
גיורא אדרת, הביעו התנגדות נחרצת לשמיעת העדים, ואדרת אף הזהיר מפני עיוות דין שייגרם כתוצאה מכך.
בסופו של דבר קבע רוזן, כי בשלב זה לא יישמעו עדים נוספים, וביקש מן הצדדים לנצל את הפגרה כדי לנסות ולהגיע לתיק מוצגים מוסכם שייתר חלק גדול מן העדויות. במסגרת זו יכולים הצדדים להסכים על הגשת מסמכים בלא הצורך לזמן עדים שיעשו זאת, ויכולים גם להסכים על הגשת הודעות במשטרה כתחליף לעדויות.