מבקר המדינה,
יוסף שפירא, סיים את כתיבת דוח "פרשת מסמך הרפז" ושלח אותו לשורה של גורמים ובהם: ראש הממשלה; יושב-ראש ועדת החוץ והביטחון של הכנסת; יושב-ראש הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת; היועץ המשפטי לממשלה; הרמטכ"ל; וכן למבוקרים בפרשה.
תוכנו של הדוח אסור עתה בפרסום, הן על-פי חוק מבקר המדינה, הן בשל סיווגו והן לנוכח צו איסור פרסום שהוציא בית המשפט העליון על החומר שנמסר למבוקרים ובאי-כוחם. אולם נודע, כי מדובר בדוח חריף ונוקב הכולל היבטים לעבירות פליליות מצד כמה מן המבוקרים. מחמת זאת הועבר הדוח גם ליועץ המשפטי לממשלה, כדי שיבחן פתיחת הליכים פליליים.
במקביל, הועבר הדוח לגופים המופקדים על חיסיון (מחב"ם, מלמ"ב ושב"כ). הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת תקבע, בהתייעצות עם מבקר המדינה, מהם הפרקים שיתפרסמו במלואם או בחלקם או לא יתפרסמו כלל בדוח הגלוי, העתיד להיות מונח על שולחן הכנסת, ולהתפרסם ברבים. רק לאחר מכן ייקבע תאריך פרסום הדוח, וטרם ברור האם הדבר ייעשה לפני הבחירות.
את עיקרי הדוח כתב מבקר המדינה לשעבר,
מיכה לינדנשטראוס, יחד עם אלוף (במיל.)
יעקב אור (מנדי), שהיה הממונה על ביקורת מערכת הביטחון. אור התפטר כבר לפני כמה חודשים מתפקידו במשרד מבקר המדינה, אולם נעתר לבקשה לסיים את הבדיקה וכתיבת הדוח. לאחר פרישת לינדנשטראוס הושלם הדוח ונחתם פורמלית על-ידי שפירא.
יריעת הדוח התרחבה בהרבה מעבר לפרשת הרפז - המסמך אותו זייף סא"ל (מיל.)
בועז הרפז, ואשר התיימר להציג צעדים שביצע כביכול
יואב גלנט בהתמודדותו על תפקיד הרמטכ"ל. לינדנשטראוס עסק בהרחבה במערכת היחסים העכורה בין שר הביטחון היוצא,
אהוד ברק, לבין הרמטכ"ל דאז,
גבי אשכנזי, ואנשי לשכותיהם. מערכת היחסים התדרדה לשפל חסר תקדים בעת הדיונים על בחירת מחליפו של אשכנזי, כאשר ברק מאשים את אשכנזי בפעילות הגובלת בפלילים, ואילו אשכנזי מאשים את ברק בפעילות פסולה מצידו.
