שרים, יושבי ראש של מועצות מנהלים ומנהלי חברות ממשלתיות וגופים סטטוטוריים מנסים לפגוע בעצמאותם של מבקרים פנימיים, תוך ניסיון להתערב בתוכנית עבודתו. הם רוצים שבתוכנית העבודה יופיעו כמה שפחות נושאי ביקורת בהם הם רואים סיכון מסוים כלפיהם. כך אומר (4.6.13) המשנה למנכ"ל משרד
מבקר המדינה, צבי ורטיקובסקי, בכנס לשכת רואי חשבון באילת.
עוד אמר ורטיקובסקי כי יש מקרים בהם הנהלות מעבירות עובדים בעייתיים ליחידות הביקורת הפנימית, ויש להילחם בתופעה זו. הוא גם עמד על הבעייתיות שבנסיונות (למשל מצד רשות החברות הממשלתיות) לקצוב את תקופת כהונתם של מבקרים פנימיים, דבר בו הוא רואה סכנה לשמירת עצמאותם. ייתכן שהפתרון הוא לקבוע מראש תקופת כהונה אחת וארוכה, הוסיף ורטיקובסקי.
ורטיקובסקי גם הציג את עמדות משרד מבקר המדינה בנוגע למבקרים פנימיים. המשרד מגלה עירנות מיוחדת למעמדם השברירי של המבקרים, כדי למנוע מצב בו הממונים על המבקרים ינסו לבוא איתם חשבון בשל מילוי תפקידם. עם זאת הבהיר ורטיקובסקי, כי משרד המבקר לא יוציא אוטומטית צווי הגנה למבקרים פנימיים, ועליהם להוכיח שהפעולות נגדם אכן היו פסולות.
"אנחנו מצפים מהמבקרים שיקפידו על קלה כבחמורה בהתנהגותם, ובמיוחד להימנע מכל
ניגוד עניינים", הדגיש ורטיקובסקי. הוא הזכיר, כי בשנת 2006 הגישה ועדת זילר את המלצותיה בנוגע למעמדם של המבקרים הפנימיים, אך עד היום כמעט כולן לא יושמו. הוא העיר, כי הוועדה הוקמה בידי
ציפי לבני - שהייתה גם אז שרת המשפטים.
ורטיקובסקי הציע למבקרים, כי במקרים בהם מנסים להלך עליהם אימים - ידאגו לתעד את המתרחש בצורה אובייקטיבית ואמינה, כדי שמבקר המדינה יוכל לתת להם את ההגנה הראויה. "הביקורת הפנימית היא בת ברית של ביקורת המדינה. אלו גופים שמשלימים זה את זה, וכל אחד צריך לתמוך בשני", סיכם ורטיקובסקי.
