בית המשפט העליון פסק (יום ב', 15.10.01), כי מינהל מקרקעי ישראל אינו רשאי לשנות באופן חד-צדדי את הסכם החכירה בין החקלאים והקרן הקיימת לישראל.
את פסק הדין נתנו השופטים שלמה לוין, יצחק אנגלרד ואילה פרוקצ'יה, בתביעה שהגישו בנימין הדר ושלומית המר, המחזיקים בחוזה חכירה עם הקרן הקיימת לישראל.
הדיון בבית המשפט התמקד בבקשה לחייב את התובעים בתשלום דמי היתר למינהל, עבור קבלת הסכמתו לביצוע שינויים בקרקע, וזאת בניגוד להסכם החכירה המקורי עם קק"ל בו החזיקו. דמי ההיתר משולמים עבור קבלת הסכמתו של המינהל לביצוע שינויים בקרקע, כדוגמת: שינוי יעוד הקרקע, תוספות בניה, פיצול מגרש.
בית המשפט קבע, כי בכל הנוגע לקרקעות שהוחכרו מהקרן הקיימת לישראל, המינהל מחוייב לגבות דמי היתר רק על-פי סעיפים המופיעים בהסכם המקורי.
לפסק הדין ניכרת חשיבות תקדימית ביחס למעמדם של ישובים רבים, אשר החזיקו בחוזה חכירה עם הקרן הקיימת לישראל, בטרם הקמת המינהל. גם כאן, לאחר שהחוכר החזיק עשרות שנים בקרקע על-פי חוזה עם קק"ל, הוסיף המינהל באופן חד-צדדי את סעיף 18א לחוזה החכירה. הסעיף שלל את זכותו של החוכר על הקרקע, וקבע כי בעת שינוי ייעוד חוזרת הקרקע באופן אוטומטי למינהל תמורת פיצוי כספי.
נושא היזמות על הקרקע הוא אחד הנושאים השנויים במחלוקת, בכל הנוגע לזכויותיהם של החקלאים על הקרקעות אותן הם מעבדים. עד כה, במרבית מקרי שינוי הייעוד, נאלצו היישובים להשיב את הקרקע למינהל. הקרקע הוצאה לאחר מכן לשיווק של גורמים חיצוניים. בשנים האחרונות מעדיפים החקלאים לשלם למדינה את חלקה בשוויה של הקרקע, ולפתח את הקרקע בעצמם (במעמד של יזמים) כמקור הכנסה עתידי ליישוב.
השופטים מתחו בפסק הדין ביקורת על מינהל מקרקעי ישראל, וכתבו שמאחר ומדובר בגוף שהוא נאמן הציבור, נדרשת ממנו רמת הגינות גבוהה. לכן, אסור לו לשנות באופן חד-צדדי את תנאיו של חוזה החכירה.
