השר להגנת הסביבה, ח"כ
עמיר פרץ, הגיש ערר על החלטת ועדת השרים לענייני פנים ושירותים לאשר את תוואי הרכבת לאילת. בערר שהוגש מציין השר פרץ שהיה היחיד שהתנגד בוועדת השרים, כי מדובר בפרויקט שאפתני שלא נבחן עד תום.
כך למשל, עד כה לא נבחנו כלל השפעות חיבור הרכבת לאילת שאמורה לשמש חלופה לתעלת סואץ, על הסביבה ועל העיר. על-פי התוכניות, הרכבת צפויה לעצור עוד לפני העיר ולשם כך תיחפר תעלת מים עמוקים מהמפרץ צפונה לנקודה זו תשמש את ספינות המשא. בקצה התעלה ייבנה נמל מטענים ובו יפרקו את המכולות אל הרכבת. עם זאת, טרם הוכן ניתוח מקיף הסוקר את השפעת חפירת תעלת מים עמוקים מהמפרץ לרכבת, כמה קילומטרים צפונית לאילת, על שוניות האלמוגים הרגישות והתיירות בעיר.
בנוסף, פרץ דורש כי בדיון שיתקיים בממשלה ידונו השרים בחלופות השונות לחיבור הרכבת לאילת, לרבות המשמעות הסביבתית, עלות הפרויקט, אופן המימון שלו וההשפעות הצפויות על העיר. גם בחברה הלאומית לדרכים אשר מתכננת את הפרויקט מודים כי תיתכן פגיעה באוצר מפרץ אילת. ממסמכי החברה אשר הוגשו למליאת רשות הטבע והגנים עולה כי טרם הוחלט כיצד יועברו המטענים מספינות המשא הגדולות אל הרכבת שכאמור תעצור מספר קילומטרים לפני העיר, אך גם כעת עוד בטרם הוכנו התוכניות המפורטות, כבר ברור כי בהחלט תיתכן פגיעה שכזו.
עוד דורש פרץ כי יתקיים דיון על החלופה הסביבתית לתוואי הרכבת באזור המכתש הגדול. חלופה זו קובעת כי הרכבת תנוע במנהרה ארוכה מתחת לשמורות הטבע, דבר אשר ימנע את הרס הסביבה והכחדת בעלי חיים נדירים. משרד התחבורה דחה חלופה זו ללא שהציג נימוקים מסודרים וניתוח משכנע. לעומת החלופה הסביבתית, התוואי שאושר יחריב שמורות ואתרי טבע בני מיליוני שנים כגון שמורת טבע מכתשים - עין יהב (בתוכה נחל צין), מדבר יהודה, מישור ימין והמכתש הגדול. כיוון שהרכבת תבנה על סוללות עפר מוגבהות היא תבתר אזורי מחייה של בעלי חיים שיוכלו לנוע על שטח מצומצם יותר, תוך סיכויי התרבות קטנים יותר ובכך תוביל להכחדת מינים ייחודיים לאזור. בין החיות שייפגעו: פראים, ראמים, צבאים, זוחלים ועוד.
