תחקיר של צה"ל שמתפרסם (יום א', 28.7.14) קובע כי לא הייתה פגיעה באזרחים בשטח בית-ספר של סוכנות האו"ם לפליטים אונרא בבית חנון, וכי החצר שם הייתה ריקה. בנוסף, בתחקיר נשללות טענות הפלשתינים בדבר 15 הרוגים במקום.
צה"ל אומר כי מותם של הפלשתינים לפני שבוע לא נגרם מהפצצה של צה"ל.
מתחקיר פנימי שמפרסם הצבא עולה כי רק פצצת מרגמה אחת שירו כוחות צה"ל, בתגובה לירי טילים נגד טנקים שביצעו פעילי חמאס מהמבנה, נחתה בשוגג בחצר בית הספר, וצילומי וידאו מלמדים שהחצר הייתה ריקה באותה עת. עם זה, אפשר שרסיסים של הפּצצה פצעו כמה פלשתינים ששהו בבית הספר, או שהם נקלעו לאש צולבת בין חיילי צה"ל לבין פלשתינים.
סגן-אלוף פיטר לרנר מיחידת דובר צה"ל אומר כי אפשר גם שהפצועים שהופיעו בכתבות בכלי התקשורת הובאו למקום לאחר מעשה. בתקרית בבית הספר של אונרא נהרגו 16 פלשתינים ועשרות נפצעו.
מדובר צה"ל נמסר כי "בכל מקרה, מותם של אזרחים מירי של צה"ל במקרה זו הינו תוצאה עגומה של בחירת החמאס במרחב האזרחי כמגן אנושי".
