המזכיר הביטחוני של השר לביטחון לאומי, ניצב
אלי כזרי, ניהל חקירה חשאית בלתי חוקית נגד שוטר, הדיח עדים מרכזיים ושיבש את חקירת המחלקה לחקירות שוטרים (מח"ש). כך טוען רב-פקד יגאל יעקובוב-כהן, בתביעה בסך 2.8 מיליון שקל נגד כזרי ונגד רס"ר מאירה מלכה (שתלונותיה נגדו הולידו את החקירה). התביעה הוגשה (26.1.23) לבית המשפט המחוזי בירושלים.
יעקובוב-כהן היה המפקד הראשון של מרכז שירות חרדי (מש"ח) שהוקם במשטרת מחוז ירושלים בסוף 2019. כזרי היה אז בדרגת תת-ניצב וסגן מפקד המחוז; מלכה הייתה חוקרת באותה יחידה. לטענת יעקובוב-כהן, הצלחת היחידה הייתה לצנינים בעיניו של כזרי, בעוד מלכה ניהלה נגדו מסע נקמה לאחר שהעיר לה על אופן התנהלותה וקידומה נחסם. תלונתה של מלכה הגיע אל כזרי, אשר "החליט לנהל באופן אישי הליך לא-חוקי... תוך מסע הפחדה" כלפי עמיתיו של יעקובוב-כהן, כדי שלא יחשפו את המהלך - נטען בתביעה.
בנובמבר 2020 הודיע מפקד מרחב ציון דאז, תת-ניצב עופר שומר, ליעקובוב-כהן שהוחלט להעבירו מתפקידו וזאת בתיאום עם כזרי. הוא ביקש ממפקד המחוז דאז, ניצב
דורון ידיד, למנות קצין בודק לבדיקת הטענות נגדו, ולפיהן חיפה על הפרת הנחיות הקורונה בידי חרדים; יומיים לאחר מכן הודלפו לתקשורת חלק מהטענות ותמונתו; כעבור יומיים נוספים הוא לקה בליבו. הפרסום גרם להבעות תמיכה ביעקובוב-כהן, הוא אומר, כולל בפניות ללשכת ממלא-מקום המפכ"ל, ניצב
מוטי כהן, ולשר דאז,
אמיר אוחנה - מה שגרם ל-כזרי לבצע פעולות נוספות כדי להצדיק את מהלכיו הקודמים.
בסוף נובמבר 2020 מונה קצין בודק, אך יעקובוב-כהן טוען שהלה לא היה אובייקטיבי אלא חברו של כזרי. הקצין הבודק לא ביקש לקבל את גרסתו של יעקובוב-כהן, ניהל את הבדיקה בעוד הלה מאושפז ותוך ימים אחדים העביר את ממצאיו למח"ש. בינואר 2021 נלקח יעקובוב-כהן בפרהסיה לחקירה במח"ש, שם יוחסו לו תקיפה ועבירות מין. החוקרים אף תפסו את הפלאפון שלו, ללא הסכמתו וללא שהציגו לו צו של בית משפט - אותו ראה לראשונה רק לאחר סגירת התיק, הוא טוען.
באפריל 2021, ממשיך יעקובוב-כהן, נמסר לו שהוחלט לפצל את החקירה בין מח"ש לבין קצין בודק נוסף - הליך חסר היגיון והצדקה, לטענתו, ואשר התנהל בלא שהוצגו לפניו ראיות כלשהן לטענות נגדו. בפברואר 2022 נסגר תיק הבדיקה ללא המלצות בעניינו, אך מסקנותיה הוכנסו לתיקו האישי - מהלך הפוגע בו עד היום. בדצמבר 2021 נסגר התיק במח"ש מחוסר ראיות והועבר למחלקת המשמעת של המשטרה, ובינואר 2022 נמסר לו שהוחלט להרחיקו ממחוז ירושלים עד לבירור סופי. כעבור שלושה חודשים סגרה מחלקת המשמעת את התיק, ואילו ביולי אשתקד שינתה מח"ש את עילת הסגירה ל"העדר אשמה" לאחר שיעקובוב-כהן הציג לה ראיות הסותרות לחלוטין את תלונתה של מלכה.
לדברי יעקובוב-כהן, למרות כל אלו נקבע שהוא לא יוכל לחזור לתפקידו כמפקד המש"ח ולא ניתן יהיה לשבצו בכל תחנות מרחב ציון (כמחצית משטח ירושלים), משום שמלכה משרתת באחת מהן. יעקובוב-כהן תובע פיצוי בטענה לפגיעה בקידומו ובשכרו, לשון הרע ונזק גופני. התביעה הוגשה באמצעות עו"ד אורי פז וטרם הוגש כתב הגנה.