חוקרי פרשת הצוללות חקרו את נתן מיליקובסקי המנוח על בן-דודו, ראש הממשלה בנימין נתניהו, וזאת למרות שככל הידוע - היועץ המשפטי דאז, אביחי מנדלבליט, מעולם לא נתן אישור לעסוק בעניינו של נתניהו בהקשר זה. כך עולה מהתמליל והתמצות של חקירתו של מיליקובסקי, אשר הגיעו לידי News1.