פרשת המינויים הפוליטיים של השר צחי הנגבי במשרד לאיכות הסביבה ממשיכה להסתעף ולהפיל בעקבותיה עוד ועוד דמויות מפתח. לאחר התפטרותו של הנגבי בעטיה מתפקידו כשר לביטחון הפנים, הולך (ג', 28.9.04) מנכ"ל משרדו ונאמנו, שמואל הרשקוביץ, בעקבותיו, ומודיע כי הוא מתפטר מהתפקיד.
הרשקוביץ הודיע על כך לממלא-מקום השר לביטחון פנים, גדעון עזרא. לדבריו, ההתפטרות באה בכדי לאפשר להרשקוביץ להתכונן היטב להגנתו לקראת החקירה המשטרתית בנושא. התפטרותו תיכנס לתוקף בסיום תקופת החופשה השנתית בה שוהה כעת הרשקוביץ, דהיינו ביום 22.10.04.
מבקר המדינה, אליעזר גולדברג, הפנה כידוע אצבע מאשימה כלפי הרשקוביץ וכלפי מדיניות המינויים שהנהיג במשרד לאיכות הסביבה בעת כהונתו בתפקיד. בדוח מצטייר הרשקוביץ כאיש שבפועל היה אחראי להוציא לפועל את הוראות השר בעניין המינויים הפוליטיים, וזאת בניגוד להוראות התקשיר אליהם הוא מחוייב מתוקף היותו עובד מדינה.