מבקר המדינה, אליעזר גולדברג, מותח ביקורת על משרד הביטחון ועל צה"ל, שפוגעים, לטענתו, באיכות הסביבה. המבקר כולל את ביקורתו בדוח השנתי שחציו פורסם עתה (יום א', 10.10.04).
המבקר טוען, כי "לפעילות צה"ל יש פוטנציאל ממשי לפגיעה בסביבה ולזיהום האוויר, הקרקע והמים באמצעות גורמי זיהום והפגיעה של פסולת מוצקה ונוזלית, שפכים, חומרים מסוכנים, רעש וקרינה".
המבקר מציין, כי קיימת מחלוקת בין משרד איכות הסביבה וצה"ל. אחת התוצאות של מחלוקת זו מובילה לכך שכמעט כל פעילות הצבא בתחום החומרים המסוכנים נעשת ללא קבלת היתרים מתאימים מהמשרד לאיכות הסביבה. בנוסף, הפיקוח של המשרד על צה"ל בתחומים מרכזיים הינו מצומצם.
טיפול בדלקים
הדוח מצביע על עשרות מקרים בהם זוהמו קרקעות בשמנים ובדלקים. דלקים ושמנים גולשים ממיכלים כתוצאה ממילוי עודף, משטחי טיפול ללא הסדרת ניקוז ואיסוף החומרים. המבקר מדגיש, כי בבדיקות נמצא זיהום של הכינרת וכן של אקוויפר חצור. הזיהום נגרם בשל בסיסי צה"ל במקום.
התשתית והטיפול בתחנות הדלק הצבאיות, הפזורות בכל רחבי הארץ, נעשו שלא על-פי התקנות והדרישות שנועדו למנוע את זיהום הקרקע ומקורות המים.
טיפול בשפכים
המבקר מציין, כי חלק ניכר ממערך הטיפול וסילוק השפכים בצה"ל מושתת על בורות ספיגה ולא על מערכות ביוב או בורות רקב אטומים, בהם נעשה שימוש מצומצם, וזאת בניגוד לדרישת התקנות.
הדוח מדגיש, כי מערכת הביטחון מודעת לזיהום אקוויפר חצור על-ידי בסיס חיל האוויר בחצור מזה כ-20 שנה, אך לא עשו כל פעולה ממשית לטיפול בזיהום וצימצום הנזקים הנגרמים בשל התפשטות הזיהום. בנוסף מציין המבקר את חוסר הטיפול בתחמושת הנמצאת בקרקעית הים מול חופי תל אביב.
על-פי הדוח, לא נערך סקר בכל יחידות הצבא שמטרתו למפות את המפגעים והסיכונים הסביבתיים הקשורים בכל אחד ממחנות הצבא.
המבקר כותב, כי לדעתו "האמור מצביע על פעילות מוגבלת ביותר של צה"ל בכל הנוגע לבדיקה וחקירה של מפגעים סביבתיים שגרמו יחידות צה"ל".
המבקר מוסיף, כי עדיין אין הוראות פיקוד עליון בנושא איכות הסביבה. באגף התכנון החלו בהכנת ההוראות בסוף שנת 1997 והתהליך טרם הסתיים.