בג"צ דחה בערב (ה', 8.9.2005) את בקשת הרב ישי בר-חן ונח פיל-פולברג לקיום דיון נוסף בעתירתם נגד הריסת בתי הכנסת ביישובים היהודיים בגוש קטיף. נשיא בית המשפט העליון, השופט אהרן ברק, והשופטים דורית ביניש, אילה פרוקצ'יה, ואשר גרוניס ביקשו לדחות את הבקשה, בעוד שהשופטים אדמונד לוי, אליקים רובינשטיין ועדנה ארבל ביקשו לקבלה.
בזאת סתם בג"צ את הגולל על אפשרות השארת בתי הכנסת על תילם והעברת הסמכות עליהם לידי הפלשתינים, כפי שביקשו העותרים.
תחילת ההליך המשפטי בנושא ביום 14.8.2005, כאשר הגישו בר-חן ופולברג
עתירה לבג"צ, בה ביקשו מבית המשפט להורות על ביטולו של סעיף 7 בהחלטת הממשלה מיום 6.6.04 הקובע, כי תכולת בתי הכנסת ביישובים הישראלים ברצועת עזה תפונה וכי "ככלל, לא יושארו בתי המגורים של המתיישבים ומבנים רגישים, לרבות בתי כנסת".
טענת העותרים היתה, כי ישנן חלופות אפשריות אשר לא נבחנו על-ידי הממשלה, בהן העתקת המבנים לתחומי מדינת ישראל או השארת המבנים תוך עירוב גורמים בינלאומיים שישגיחו על שמירת המבנים ויאפשרו ביקור במבנים אלו כאתרים בעלי ערך תרבותי-היסטורי.
בדיון שהתקיים ביום 16.8.2005 בעתירה, מתח השופט אדמונד לוי
ביקורת קשה על התנהלות הממשלה כאשר העיר, כי בכלי התקשורת מושמעים פרסומים לפיהם קיים פיתרון "לכל דבר". אלא שמסתבר, כי דווקא לנושא בתי הכנסת לא נמצא פיתרון עד יום זה. בסיום הדיון הורה בג"צ למדינה לבחון חלופות אפשריות להריסת בתי הכנסת.
בעקבות כך הגיעו הצדדים
הסכם פשרה לפיו כל בתי הכנסת יפונו מתכולתם ויתועדו, בתי הכנסת ביישובים שליו ותל קטיפא יפורקו בשלמותם ויועברו, ותיערך בדיקה לגבי אפשרות העברת בתי הכנסת מהיישובים בדולח ונווה דקלים וכן כיפת בית הכנסת בנצרים.
אלא שההסכמה הזמנית בין הצדדים החזיקה מעמד ימים ספורים בלבד. ביום 22.8.2005 הגישו העותרים בקשה לדיון נוסף בעתירתם, זאת בעקבות פסיקת מועצת הרבנות לפיה אין להרוס את בתי הכנסת ביישובים המפונים. העותרים טענו, כי יש לבחון עם הרשות הפלשתינית וגורמים בינלאומיים את אפשרות שימור בתי הכנסת.
ביום 30.8.2005 החליטה השופטת פרוקצ'יה לבחון את הבקשה לדיון נוסף בהרכב מורחב של שיבעה שופטי בג"צ בראשותו של נשיא בית המשפט העליון, השופט אהרן ברק.
בדיון שנערך ביום 4.9.2005 גילה נציג הפרקליטות, עו"ד אבי ליכט, כי בין ישראל לרשות הפלשתינית התקיימו מגעים, בסיועם של מתווכים אמריקנים, במסגרתם הועלתה הסוגיה של השארת בתי הכנסת על תילם לאחר ביצוע תוכנית ההינתקות. לפי דבריו של ליכט, תשובת הפלשתינים היתה שלילית.
בסיום הדיון יצאו שופטי בג"צ
בקריאה ישירה לראש הממשלה, אריאל שרון, לשקול פניה רשמית לגורמים הפלשתינים על-מנת לבחון איתם את אפשרות השארת בתי הכנסת על תילם.
בהחלטה החדשה שפורסמה עתה (יום ה'), כאמור, דוחים שופטי בג"צ, בדעת רוב, את בקשת העותרים לדיון נוסף בטענה, כי המקרה אינו עומד בתנאי סעיף 30(ב) לחוק בתי המשפט לפיהם ניתן להורות על דיון נוסף כאשר "ההלכה שנפסקה בבית המשפט העליון עומדת בסתירה להלכה קודמת של בית המשפט, או שמפאת חשיבותה, קשיותה, או חידושה...".
עמדת שופטי המיעוט גרסה, כי יש לקיים דיון נוסף בעתירה מכיוון שגורלם של בתי הכנסת בשטחים המפונים הוא נושא בעל משמעות ערכית כה כבדת משקל, המצדיק בחינה נוספת של חוקיות החלטת הממשלה.
"בהחלטתנו זו איננו מתעלמים מהקושי רב הפנים הנלווה ליישומה של החלטת הממשלה בעניין פירוקם של בתי הכנסת בשטח המפונה. קושי זה נוגע בראש וראשונה לתושבים שעזבו את המקום, אשר בית הכנסת שימש להם משכן תפילה, מרכז רוחני-דתי, ומקום בו התייחדה הקהילה בשעות עצב ושמחה, ובו נשמעו קול האמונה של הפרט, ותפילתו של הציבור. סביב בית הכנסת נוצקו החוליות המקשרות בין חברי הקהילה בינם לבין עצמם, ודרכו התגבשו דפוסי החיים בחומר וברוח של תושבי המקום. אולם, קדושת בית הכנסת חורגת מגדרה של הקהילה ביישוב, והיא מעניינו של הציבור היהודי כולו, באשר הוא, בישראל ומחוצה לה. ייחודו של בית הכנסת ממשיך להתקיים גם לאחר שננטש", נכתב בפסק הדין.
ברוב של ארבעה שופטים מול שלושה דוחה בג"צ את בקשת העותרים לקיום דיון נוסף, ומבטל את צו הביניים האוסר על כוחות הפינוי להרוס את בתי הכנסת.
