בג"צ דחה (19.1.06) את עתירתם של ארבעה קציני צה"ל (במיל.) שעתרו לבג"צ בדרישה להורות על פירוק עמותת "רוח המצפון", בטענה כי זו מטיפה לסרבנות ולפעולות בלתי חוקיות.
תקנון עמותת "רוח המצפון" מגדיר בין מטרותיה "ליצור הכרה בחברה הישראלית לגבי זכותו של הפרט לפעול על-פי מצפונו בגבולות הדמוקרטיה. לקדם חשיבותם של ערכים הומניסטיים במדינת ישראל. ליצור הכרה בנוגע לאפשרויות העומדות בפני הפרט במדינה דמוקרטית להימנע מפעולות הנוגדות מצפונו".
בעקבות פעולות העמותה פנו סמ"ר איתן בן-חורין, סגן איתן גינזבורג, סגן יריב פישר וסמ"ר אדם שמויס, כולם קצינים במילואים, לרשם העמותות בדרישה לפרק את העמותה, בטענה כי זו משמשת כזרוע של עמותת "אומץ לסרב", פועלת להגברת הסרבנות בישראל, ממרידה ומסיתה להפרת חוק ומביאה לידי אי נאמנות למדינה.
בתגובה לטענות, מסרו בעמותה, כי פעולותיה נעשות "בתקופה קשה, שבה מאות חיילים וקצינים בסדיר ובמילואים התבקשו להשתתף במשימות בלתי מוסריות בעליל...", וכי היא "פועלת, כפי מטרותיה, להנחלת ערכים דמוקרטיים ולחיזוק מעמדה של הזכות לחופש המצפון, וזאת היא עושה תוך שימוש בזכות היסוד לחופש הביטוי הנתונה לה ולחבריה...", ואף הבהירה, כי מעולם לא קראה לסרב לשירות צבאי בחובה או במילואים.
בעקבות החלטת רשם העמותות שלא להורות על פירוק העמותה, עתרו הקצינים לבג"צ בטענה, כי התארגנות מסוג זה חוצה את גבול הלגיטימיות ויש בה סממנים של מרי.
בפסק דינו קובע השופט אליעזר ריבלין, כי "יש להקנות לבעלי הסמכות לבקש את פירוקה של העמותה - סמכות שבשיקול דעת - מתחם רחב של סבירות, מתוך הנחה כי גורמים אלה מחזיקים בידע, בניסיון ובפרספקטיבה הכוללת, הדרושים בטרם נקיטה בהליך הקיצוני שתכליתו 'גזר-דין מוות' לעמותה".
עוד קובע ריבלין, לאור מעמדה הרם של זכות ההתאגדות, יש צורך ברף הוכחה גבוה ועוצמת ראיות חזקה, כדי לבסס עילה לייזום הליך פירוק של עמותה, דבר שכאמור לא מצאו במקרה זה רשם העמותות והיועץ המשפטי לממשלה.
לבסוף מציין ריבלין, כי ייחוס עבירה של המרדה לעמותת "רוח המצפון" היא מרחיקת לכת ועומדת בניגוד למדיניות ההבלגה שעליה הצהיר היועץ המשפטי לממשלה, ביחס להעמדה לדין בעבירות שבהן מדובר בהקשר של קריאה לסירוב פקודה.
בית המשפט דוחה את העתירה בקובעו, כי לא נפל כל פגם בהחלטת רשם העמותות והיועץ המשפטי לממשלה בדחיית הבקשה לפרק את העמותה.
