השם "נעמי שמר" נבחר אמש (יום ד', 20.5.09) מבין חמישה שמות, שהוצעו על-ידי חמש כיתות בית הספר, בתהליך דמוקרטי מונחה.
תחילה נקבע שבית הספר יישא שמה של אישיות ייחודית. בסיום השלב הראשון, הציגה כל כיתה את השם שזכה לרוב קולות, סך-הכל חמישה שמות.
בתהליך הצבעה מלא, בו ניתנה זכות הצבעה לכל התלמידים, ולאחד מההורים, שכלל קלפיות ותיבות הצבעה לכל דבר, נבחר כאמור השם "נעמי שמר".
להלן התפלגות 252 הקולות:
נעמי שמר - 118 קולות;
מנחם בגין - 74;
אהוד מנור - 53;
בנימין זאב הרצל - 4;
גולדה מאיר - 3.
מספירת הקולות עולה, כי הייתה נציגות יפה של תלמידי בית הספר בהווה ובעתיד, אליהם התווספו קולותיהם של מצביעים נוספים מקרב ההורים, המועצה המקומית וחברי הצוות החינוכי היישובי (צח"י).
לצד תהליך ההצבעה התקיים גם יריד מכירות, שהכנסותיו יועדו לרווחת התלמידים.
דרור אהרון, ראש המועצה, שהגיע לברך את בית הספר וליטול חלק בהצבעה מציין: "התהליך לו שותפים תלמידי בית הספר והוריהם, הוא ביטוי יוצא מגדר הרגיל לקהילתיות המאפיינת את בית הספר. השם הנבחר מכובד ומכבד כאחד, ומסמל בצורה מיוחדת את כל הכרוך באהבת ארץ ישראל והמולדת. נעמי שמר נחשבת לאחת מהמלחינים והכותבים המוכשרים של ימינו. יצירותיה - המנגינות כמו-גם המילים למנגינות שגורות זה שנים רבות בכל פה. יצירותיה ליוו את מדינת ישראל מאז הקמתה, את המלחמות, את הכאב ואת הנצחון. הן ליוו את ילדי הגן ואת ילדי בית הספר, את החיילים ואת הקשישים, את האהבות ואת האכזבות שלנו.
אני מברך את קהילת בית הספר על החלטתה".
מנהלת בית הספר, רינה ניצן, אומרת: "כבר נאמר: 'טוב שם טוב משמן טוב' (קהלת ז', א') ואנו חיפשנו שם שיהלום את בית ספרנו, מוסד חינוכי מוביל, התורם לטיפוח הפרט והחברה. מחנך למצוינות ודעת, מקנה חשיבה ערכית - מוסרית ותרומה חברתית - קהילתית, שם של אישיות משפיעה ויוצרת אשר בפועלה ניכרים: מצוינות, אהבת ישראל והמולדת, אהבת אדם ותרומה חברתית ניכרת. בפרשת השבוע פרשת 'במדבר', הפרשה הראשונה בחומש 'במדבר', שאותה נקרא השבת בבית הכנסת כתוב 'איש על דגלו... יחנו בני ישראל'. התורה מדגישה, כי לכל שבט צריך שיהיה 'דגל' משלו - מסר ייחודי. עולמה של היהדות דוגל באחדות, אך אינו בוחר באחידות. וכך גם אנו רצינו דגל משלנו - שם משלנו שבעקבותיו נבחר סמל לבית ספרנו. השותפים בתהליך הדמוקרטי של בחירת השם היו הצוות החינוכי, התלמידים, יו"רית הנהגת ההורים הגברת ברכה ברסי וחברי הנהגת ההורים, שנטלו חלק בתכנון ובביצוע. מעתה ניקרא: בית ספר שש-שנתי ע"ש נעמי שמר, שחרט על דגלו: שייכות, מצויינות, רעות".