עיתון הארץ היה ועודו שנוי במחלוקת. לפחות מבחינת אופן הכיסוי של ענייני ביטחון ופוליטיקה. כך בעבר, וכך גם בתקופה זו. חלק מכתבי העיתון, הנותנים את הטון בעיתון הארץ, מסקרים את אינתיפאדת אל-אקצה באופן "המושך אש", ולא פחות ביקורת כנגד בעלי השליטה בעיתון - אפילו עד כדי הטלת ספק בדבר נאמנותם לעם היהודי בכלל ולמדינת ישראל בפרט.
הקו הפוליטי של עיתון הארץ היה מאז ומתמיד מגובש ואחיד. מצד צמרת כתבי העיתון, לכיוון אחד: שמאל קיצוני. אומנם תוך עצירה באדום בענייני ביטחון, אך בכל זאת, שמאל קיצוני.
בעקבות גל הביקורת שנשמעה לאחרונה נגד הארץ, על הקצנת העמדות השמאלניות בהן נוקט עיתון זה, נאלץ המו"ל עמוס שוקן לצאת ולהתגונן, ויותר מזה, לנסות ולשכנע בדבר המובן מאליו - היותו ציוני: "הארץ היה ונשאר עיתון ציוני, וקיומה המשגשג והבטוח של מדינת ישראל הוא הערך המרכזי שלו", אמר/התגונן שוקן במכתב תשובה (16.4.02) שהפנה אל עו"ד מאיר הפלר. מכתבי השניים פורסמו עתה לראשונה בגליון "האומה" [148] שראה אור בסוף מאי 2002. המכתבים, המשקפים את הויכוח שלעיל (הכמעט ניצחי) נותנים ביטוי ליחס הקוטבי שלו "זוכה" עיתון הארץ.
עו"ד מאיר הפלר החליט לסיים את התקשרותו עם העיתון, וזאת לאחר 60 שנים שמשפחתו מנוייה על העיתון. בתכתובת ארוכה בינו לבין עמוס שוקן הוא נימק את הסיבות לביטול המינוי
(16.4.02): "אין לפניי עיתון ציוני ולא עיתון מגוון, אלא עיתון מגמתי שפוגע בעמי, במשפחתי ובי".
גרשם שוקן היה ציוני עוד בגרמניה שלפני מלחמת העולם השנייה. עם עלייתו של היטלר לשלטון הוא עלה לפלשתינה, לאחר שהבין שאין ליהודים מה לחפש בגרמניה. מאז שרכש את עיתון הארץ ונטע בו את הרוח הציונית, אף פעם לא שאף לשקף את דעת הרוב במדינה היהודית. שאיפתו, אומר שוקן, היתה לתת ביטוי גם לדעותיו שלו, וגם לדעות הנוגדות.
עמוס שוקן, בנו, שהינו הבעלים של העיתון כיום, ממשיך את אותה רוח בה הוקם העיתון. הוא מגדיר את ערכו העיקרי כמי שמבטא את "קיומה המשגשג והבטוח של מדינת ישראל", אך אינו מחשיב כערכים - לא את חוק השבות, לא את הכיבוש ולא נטילת זכויות של אחרים. לדבריו, הארץ תמך בחלוקה לפני קום המדינה, ובמתן שטחים תמורת שלום מאז מלחמת ששת הימים. העיתון מתנגד למפעל ההתנחלות בשטחים הכבושים משום שזה עלול להוות מכשול לשלום.
עמוס שוקן מפנה אצבע מאשימה גם כלפי הערבים: "מי שדחה את זכות השיבה שלנו היו הערבים שפתחו נגדנו במלחמה מאז עליית הציונים לארץ ומאז הקמת המדינה". וכיום, לדבריו, זכות השיבה הכפולה אינה מעשית ושני הצדדים צריכים לוותר. הוא קורא להפסקת הכיבוש וההתנחלויות, שכן אלו הן לדבריו סילוף ועיוות הציונות. בסופו של דבר, הוא טוען, אלה ירחיקו אותנו מיעדיה של הציונות. "רק ויתור הדדי על שטחים יכול להצמיח שלום ושלווה".
את ערפאת הוא תופס כ"אישיות קלוקלת". עמדתו לגבי התמודדות המדינה והחברה הישראלית עם הטרור, היא שפעולות צה"ל בשטחים הכרחיות, אך אינן פתרון קבוע ויציב להתנהגות הטרוריסטית והנפשעת של הפלשתינים. רק פתרון מדיני, לדבריו, עשוי להחזיר שלום וביטחון לישראל.
מאיר הפלר, עו"ד, נכדו של ד"ר יעקוב סוקולוב ז"ל, מי שהיה בן למשפחה ציונית של מתיישבים יהודים שעלו מוארשה, תומך באידיאולוגיה שונה. הפוכה לזו שבה מצדד שוקן.
הפלר קורא להמשיך באותה דרך ציונית של אבותיו ולשאוף אל היעד של ביסוסינו בארץ ישראל. הוא מאשים את עיתון הארץ - שהיה לדבריו לפני שישים שנה עיתון ציוני ביותר - בשינוי פניו לעיתון אנטי ציוני, מגמתי, שפוגע בעם ישראל. הפלר טוען כי העיתון הפך ל:" אויבה של התנועה הציונית וכלי ביטוי הנוגד להשקפת הרוב הגדול של האוכלוסיה היהודית".
באיבו של יום הזיכרון לחללי מערכות ישראל, התפרסמה התייחסות בהארץ, לקצינים ולחיילים, שמסרבים לשרת בשטחים. הפלר מאשים את העיתון בפרסום זה שיש בו קריאה להמרדה והסתה. הוא מצביע על פרסום זה ככזה המעיד על כך שהעיתון הפך לאנטי ציוני.
על כך עונה שוקן: "... אין לי סימפטיה לכל חקיקה שנועדה לסתום פיות. בעיני, נשמת אפה של הדמוקרטיה היא חופש הדיבור, כולל אמירות מסוג זה שפורסמה במודעה המדוברת".
על הטיעון לפיו העיתון התנהג כאנטי ציוני, כביכול, בשל זאת שקרא לוותר על השטחים עונה שוקן: "... עמדתו של הארץ נגזרת, כפי שנגזרה תמיד, לא רק מן הצרכים החיוניים שלנו, אלא גם מן המעשיות שבמימושם". למעשה, הוא אומר: קיומם של נצרים וכפר דרום, גנים וכדים, אינו חיוני וחותר תחת עצמאות לאומית חופשית אפשרית בישראל.
הפלר גורס שאין הבדל מוסרי בין המתנחלים היום, לבין אבותיו שלו שעלו מהגלות לפלשתינה על-מנת להגשים חלום דורות של שיבה לציון, וכמוהם גם אבותיו של עמוס שוקן. "האם הללו כולם, משפחתך שלך ומשפחתי שלי, היו 'כובשים ומתנחלים', כהגייתך לגבי המתיישבים דהיום?".
לדעת שוקן, מעשי אבותיהם כשרים היו, בשל העובדה כי הוכרזה עליהם מלחמה מצד הערבים; מלחמה שלא הותירה ברירה, אלא לנסות ולתפוס שטחים בארץ המובטחת. היום, לעומת זאת, בניסיון לפתור את הסיכסוך ארוך השנים הזה, האופציה היחידה היא ויתור הדדי על שטחים, מה שעשוי להיות הצעד המדיני היחיד שיחזיר שלום, שלווה וביטחון לישראל.
