הגליל בימי בית שני והמשנה (משלהי המאה ה-6 לפנה"ס עד המאה ה-4 לסה"נ) על-פי סקרים ארכיאולוגיים וחפירות שנערכו בגליל ע"י "רשות העתיקות", מתברר שאוכלוסיית יהודי הגליל בתקופה ההלניסטית (333 - 63 לפנה"ס) הייתה מורכבת מצאצאי שארית הפליטה שהשאירו האשורים לאחר שהיגלו את השכבה העליונה של האוכלוסייה בשלהי המאה ה-8 לפנה"ס, שאליהם הצטרפו מתיישבים מקרב הגולים שחזרו מבבל, לאחר הכרזת כורש מלך פרס מ-538 לפנה"ס, ומעודפי האוכלוסין מיהודה, שעברו לגליל, בעיקר בתקופת ממלכת החשמונאים (142 - 63 לפנה"ס).
שמעון קליין הביא בסיפרו "ארץ הגליל" שמות יישובים בגליל שליקט ממקורות יהודיים שונים. המקורות היהודיים מאשרים שהיישובים היהודיים בתקופה הפרסית גדלו כאשר עולים מבבל התיישבו בגליל. לאחר מכן החלה הגירה של עודפי אוכלוסין מיהודה לגליל. קליין הדגיש שאין לראות ברשימה שהביא רשימה מלאה, מאחר שהמקורות מהתקופה הם דלים.
השליטים ההלניסטים, התלמיים והסלווקיים הקשו על התיישבות עודפי האוכלוסין מיהודה בגליל אבל בתקופה שהגליל היה תחת השלטון של ממלכת החשמונאים האזור היה בעל רוב יהודי. אוכלוסיית הגליל גדלה ושגשגה והגיעה, לדעת החוקרים, ל-600,000 נפש.
ב-63 לפנה"ס נכבשה ממלכת החשמונאים ע"י רומי והפכה לוואסלית של רומי. שטחיה קוצצו אך הגליל נשאר בידיה עד לפרוץ המרד הגדול נגד השיעבוד הרומי בי-66 לס'. הרומים כבשו את הגליל והוא הפך לחלק מפרובינקיה יודיאה.
ערב המרד הגדול, ב-66 לס' היו בגליל, על-פי דיווחו של יוסף בן מתיתיהו, 204 ישובים. יש חילוקי דעות בין החוקרים לגבי מספר היישובים שנותרו כתוצאה מדיכוי המרד: מיכאל אבי יונה העריך, ב-1962, שהרומיים הרסו 8 יישובים. אבל, על-פי מחקר של חיים בן דוד מ-2008, הארכיאולגים זיהו 187 אתרים מהתקופה שלפני המרד. מסקנת הארכיאולגים היא ש-90% מהאתרים נותרו על תילם לאחר המרד, כלומר 168, והרומיים הרסו-שרפו 19 יישובים באזור הכפרים כבול ויודפת, ואת הערים מגדל (טריכאי) וערבה.
לאחר המרד הגדול התרחשו בגליל 2 תהליכים מנוגדים: מצד אחד הייתה בריחת פליטים מיהודה לגליל ומצד שני הייתה ירידה במספר היישובים היהודיים.
בדיון שנערך ב-1995, בהשתתפות טובי החוקרים העלה אהרן אופנהיימר את הסברה שהירידה במספר היישובים התרחשה בין 70 לס' ל-132 לס' כלומר, לאחר סיום המרד הגדול ועוד לפני פרוץ מרד בר - כוכבא. על-פי התזה שלו, הגליל היה פעיל בתקופת "פולמוס קיטוס", המרד שפרץ בגליל בהשפעת המרד בתפוצות נגד הקיסר טריאנוס בין השנים 115 - 117 לס', והתסיסה לא פסקה לאחר דיכוי המרד ע"י המצביא קיטוס, ונמשכה לאורך השנים. היא התבטאה בפעולות גרילה נגד השלטון הרומי מצד האוכלוסייה היהודית.
הקיסר אדריאנוס הגיב על הפעילות בגליל נגד שלטונו במדיניות דיכוי אכזרית: הוא יזם פעולות להלניזציה של ערי הגליל ציפורי וטבריה ע"י הושבת נוכרים בערים, העברת השלטון בערים לידיהם, ושינוי שמה של ציפורי לדיוקיסריה. בית הכנסת בטבריה הוסב למקדש אלילי ונבנו בערים הללו מוסדות בעלי אופי הלניסטי.
כמו-כן אדריאנוס יזם ניתוק הקשר בין הגליל לשומרון וליהודה באמצעות הקמת מחנות ללגיונות רומיים בלגיו, היא עותנאי, ובתל שלם (בסביבת בית שאן ) וסלילת כבישים לצורכי הצבא בין המחנה בלגיו לציפורי- דיוקיסריה ובין ציפורי לטבריה. לאורך הדרכים הוקמו ביצורים. התסיסה בקרב יהודי הגליל נגד פעולות אלה הביאה להגברת הפיקוח על הגליל ולמלחמת חורמה בפעולות הגרילה של היהודים. הגליל נפגע באופן חמור מפעולות הדיכוי עוד לפני פרוץ מרד בר כוכבא ויישובים רבים נהרסו. לדעת אופנהיימר עובדות אלה מסבירות מדוע הגליל לא מילא תפקיד משמעותי במרד בר- כוכבא אם כי מתנדבים הצטרפו למורדים ביהודה.
על-פי הערכתו של אבי יונה היו ערב מרד בר כוכבא ב-132 לס' בגליל 63 יישובים. לאחר מרד בר-כוכבא (132 - 135 לס') נותרו בגליל 56 ישובים יהודיים. כלומר, 7 ישובים נוספים נעלמו מעל המפה. לאחר המרד קולטים יישובי הגליל פליטים נוספים מיהודה.
בגליל התרכזה מרבית האוכלוסייה היהודית לאחר כשלון מרד בר- כוכבא, והמרכז הרוחני עבר לגליל מיבנה. הסנהדרין, עברה לאושא בגליל. מאוחר יותר עבר המרכז לשפרעם, לבית שערים ואחר כך לציפורי, שם נחתמה המשנה ע"י רבי יהודה הנשיא בשנת 200 לס'.
היישובים היהודיים שנותרו בגליל על-פי דן בהט היו: ברעם, גוש חלב, עלמה, סאסא, ספסופה, מירון, תקוע, בקע (פקיעין), כפר נבוריה, כורזין, כפר נחום, א- רמה, סכני, ארבל, עפרתה, נמרה (חרבת עמוד), אבלים, אושא, ציפורי,טבריה, חמת, שרונה, כפר כנה, חוסיפה, חן-סמורה, בית שערים, יפיע, שמעונה. (28 יישובים). ניתן להשלים את הרשימה מתוך רשימת היישובים בהם התיישבו משמרות הכהונה: מפשתה (פסוטה), צפת, בית חנניה, כפר יוחנה, צלמון, כבול, מעריה (מע'אר), מגדל, ערב (עראבה),כפר עוזיאל, יודפת, שיחין, בית לחם (הגלילית), נצרת, בית מעון, עילבו, כפר נמרה, כפר ממלח, כבול, מורנוניא, בית חכיה(21 יישובים. הרשימה אינה מלאה). בגליל שרדו כ-50 יישובים, ובארץ כולה כ-140.
רשות העתיקות ערכה סקר ארכיאולוגי מקיף על אזור של כ-300 קמ"ר במרחב ההתיישבות היהודית בגליל . מימצאי החפירות היו שבשלהי התקופה הרומית, כלומר במחצית השנייה של המאה ה- 3 לס' החל משבר חמור בהתיישבות הכפרית באזור. כפרים קטנים וגדולים רבים ניטשו, כולל יישובים בהם התגלו בתי הכנסת המרשימים. הסיבה לנטישה הייתה, לדעת דן בהט, הידרדרות המצב הביטחוני וההרעה במצבם של האיכרים בשל המלחמות בין רומי לפרסים והשתלטות תדמור על הארץ (260- 271 לס'). גם בין השנים 305 - 324 לס' שררה אנרכיה ברחבי האימפריה הרומית. השיפור במעמדה של הנצרות ב-313 הביא להחמרת מצבם של היהודים כאשר ב-315 החלו גזירות נגד היהדות.
הירידה במספר היישובים בגליל והתמעטות האוכלוסייה היהודית הייתה תהליך הדרגתי שנמשך כ-150 שנה וצבר תאוצה במאה ה-3 וה-4 לס'. בסוף התקופה הרומית (324 לס') נותרו בגליל התחתון המזרחי על-פי ממצאי הסקר הארכיאולוגי של עוזי לייבנר 26 יישובים כפריים. על-פי מחקרו של שמואל ספראי נותרו בגליל התחתון כולו 50 יישובים ובגליל העליון 12 יישובים. בראשית השלטון המצרי-בישאנטי היו בגליל 62 יישובים יהודיים בלבד.
