12 יום לאחר שניצח בבחירות לנשיאות, הזמין
דונלד טראמפ את הגנרל בדימוס
ג'ון קלי לפגישה במועדון הגולף שלו בניו ג'רזי והציע לו את תפקיד השר לביטחון פנים. טראמפ כה התרשם, עד שכעת הוא מקדם את קלי לתפקיד ראש הסגל במקומו של ריינוס פריבוס, אשר פוטר/התפטר בסוף השבוע.
טראמפ מחבב את קלי וסומך עליו, כותב וושינגטון פוסט (29.7.17), אך עדיין צריך לראות האם טראמפ גם יקשיב לו בנסיונו להכניס סדר לבית הלבן השרוי בתוהו ובוהו. נזכיר, ששבוע אחד בלבד קודם לכן מינה טראמפ את הפיננסייר אנתוני סקרמוצ'י למנהל התקשורת של הבית הלבן – למרות העדר כל ניסיון בתקשורת – דבר שגרר את התפטרותו של הדובר
שון ספייסר. סקרמוצ'י כיהן בתפקיד חמישה ימים בלבד כאשר התראיין למגזין ניו-יורקר והתבטא בגסות חסרת תקדים כלפי פריבוס – מה שסימן את סופו של ראש הסגל, שבממשלים רבים מהווה מעין ראש ממשלה.
סקרמוצ'י התייחס באותו ראיון בגסות גם ל
סטיב בנון, האסטרטג הראשי של טראמפ, ואילו הנשיא עצמו תקף בפומבי שוב ושוב את שר המשפטים,
ג'ף סשנס. השניים עודם בתפקידיהם, אך באווירה בה פועל ממשל טראמפ – ייתכן שגם ימיהם ספורים.
ידיד של קלי, ששירת 45 שנה בנחתים, אמר לוושינגטון פוסט, כי הוא מתאים בצורה מושלמת לאתגרים הניצבים בפניו. "הוא יודע כיצד לעשות את זה: עם שכל ישר ומנהיגות טובה. הוא לא יסבול אידיוטים וטיפשים". הקריירה הצבאית של קלי הסתיימה בטונים צורמים בינואר 2016, לאחר התנגשות עם הבית הלבן של
ברק אובמה – אבל ייתכן שבעיני טראמפ זה דווקא עוד נקודת זכות.
באותה עת, מזכיר העיתון, נמאס לממשל אובמה מגנרלים בעלי ארבעה כוכבים – כמו קלי – שהתבטאו נגד מדיניות הממשל בנוגע לסגירת כלא גוונטנאמו ביי, הפגיעות של גבולות ארה"ב והאיומים עליה מצידם של ארגוני מחבלים. היחסים בין אובמה לקלי הפכו לכה מתוחים, עד שבשבועות שלפני פרישתו של הגנרל יצאו כמה וכמה פקידים לתקשורת והאשימו אותו וגנרלים אחרים בחתירה תחת כוונתו של הנשיא לסגור את גוונטנאמו.
לפני שהתמנה קלי לשר לביטחון פנים, שוחחו הוא וטראמפ על נסיונו הדיפלומטי של הגנרל ועל הסיכונים הביטחוניים לגביהם השניים תמימי דעים. תפקידו הצבאי האחרון של קלי היה מפקד הפיקוד הדרומי של ארה"ב, שמושבו במיאמי. תפקיד זה העניק לו תובנות לגבי הרשתות הפליליות הפועלות בדרום אמריקה, במרכז היבשת ובאיים הקריביים, ואשר מזרימות לארה"ב אנשים, סמים ונשק. קלי טען זמן רב שהפשע המאורגן מהווה סכנה משמעותית לביטחון הלאומי של ארה"ב, ובכך הוא רואה לחלוטין עין בעין עם הנשיא.
עם מעברו לבית הלבן, צופה וושינגטון פוסט, משימתו הדחופה ביותר של קלי היא להפסיק את תוכנית הריאליטי עמוסת הדרמה, המצ'ואיזם והחשדנות המתנהלת בו לעיני האומה כולה. חלק משמעותי מכך יהיה הפסקת ההדלפות ובעיית דימויו של טראמפ בתקשורת.