ראש הממשלה, אהוד אולמרט, פנה בבקשה אל היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, בבקשה לפתוח בחקירה פלילית נגד מבקר המדינה, השופט (בדימ.) מיכה לינדשטראוס. מכתב התלונה, שפורסם בחדשות ערוץ 2 (יום ב'), הוגש על-ידי פרקליטיו של אולמרט, עורכי הדין אלי זהר ורועי בלכר ממשרד זליגמן ושות'. העימות בין אולמרט למבקר המדינה הינו ספיח נוסף בפרשת השוחד, שנחשפה ב-Nfc, שקיבל אולמרט בעת שרכש את ביתו בכרמיה בירושלים.
במכתבו של אולמרט אל היועמ"ש נאמר, בין היתר (ציטוט):
הינך מתבקש לראות במכתבנו זה תלונה נגד מבקר המדינה ולהורות על פתיחה בחקירה פלילית נגדו, שכן הוא זה שעובר על החוק הן בהדלפותיו השיטתיות של טיוטות דוחות הביקורת המתגבשות במשרדו והן בהתעמרותו בראש הממשלה תוך זניחת כללי היושרה הבסיסיים החלים על כל עובד ציבור ועל מבקר המדינה בראש ובראשונה.
טענתו של מבקר המדינה נגד ראש הממשלה היא טענה מיתממת וצבועה, הנשמעת מפיו של מי שמתיימר לנהוג כמבקר מדינה הגון ואחראי העוסק בביקורת עניינית, אך בפועל מונחה משיקולים של רדיפת פרסום, שררה וכבוד. המבקר בחר להעביר את הנושא ללשכתך בחוסר תום-לב ומשיקולים תקשורתיים בלבד.
... כל הקורא את הביקורת של דוח מבקר המדינה בעניין הזה [פרשת כרמיה] אינו יכול שלא להיזכר במילותיו האחרונות של המלך ינאי לשלומציון המלכה: 'אל תתייראי, לא מן הצדוקים ולא מן הפרושים, אלא מן הצבועים, שנראים כפרושים, שעושים מעשה זמרי ומבקשים שכר כפנחס' [דברים אלו אמר בזמנו השופט אמנון סטרשנוב על נחום מנבר שהורשע בעבירה חמורה של בגידה].
פרשת כרמיה נחשפה כאן ב-Nfc [ביום 28.02.06, ערב הבחירות לכנסת ה-17]. אולמרט חשוד בקבלת שוחד בסכום כולל של 480 אלף דולר (330 אלף דולר נטו, בניכוי הנחת מזומנים), מידיו של היזם גיל מסטיי, וזאת בסיועם של פקידים בכירים בעיריית ירושלים. העבירות: קבלת שוחד, מרמה והפרת אמונים.
חוות דעתו של המבקר בנושא פרשת כרמיה הועברה לאחרונה לידי היועץ המשפטי לממשלה. בחוות דעתו ממליץ המבקר לפתוח בחקירה פלילית נגד אולמרט. צוות פרקליטים שמונה בפרקליטות כדי לבדוק את החשיפה ב-Nfc ואת ממצאי מבקר המדינה בפרשה, גיבש אף המלצה לפיה אין מנוס מפתיחת חקירה נגד ראש הממשלה.
עמדה זו הוצגה כבר לפני חודשים מספר בפני פרקליט המדינה, ערן שנדר, וזה האחרון הציגה בפני היועץ המשפטי לממשלה. היועץ מני מזוז מצדד גם הוא בפתיחת חקירה.
מזוז המתין במשך חודשים רבים לסיום הבדיקה על-ידי מבקר המדינה ולהגשת חוות דעת מסכמת בפרשה, ולכן נמנע עד כה מהכרעה בשאלה האם להורות על פתיחת חקירה.