נושא החינוך תופס מקום מרכזי בצה"ל, בשל הדגש שהוא שם מאז הקמתו על נושאים ערכיים. בתחום זה עוסקים שני גורמים עיקריים: חיל החינוך והרבנות הצבאית הראשית.
המבקר מצא, כי אף שהמפקדים הם המחנכים העיקריים בצה"ל, קיים פער בין המוטל עליהם בתחום החינוכי, ובמיוחד בנושאים המצריכים קיום של שיח פיקודי עם חיילים, לבין כשירותם למלא תפקידיהם. הפערים העיקריים נוגעים, בין היתר, לחוסר בהכשרה בתחום קיום השיח הפיקודי-חינוכי באמצעות מתודת הנחיה; להעדר משנה סדורה של מפקדים בנוגע לתפקידם החינוכי; לקושי של מפקדים לקיים שיח פיקודי-חינוכי עם חייליהם, וקיום מועט מדי של שיח בנושא זהות ישראלית-יהודית.
אחד מתחומי התוכן המרכזיים שבהם נעשית פעילות חינוכית באמצעות מכונים אזרחיים נוגע לתחום הזהות הישראלית-יהודית. התקשרויות עם המכונים בתחום זה נעשתה ללא שהיו בידי מיפקדת קצין חינוך ראשי אמות מידה כתובות לבחירת מכון לצורך העברת תכנים בצה"ל. החיל לא קיים תהליכי פיקוח ובקרה סדורים על פעילות המכונים האזרחיים, אלא באופן חלקי.
חיל החינוך לא ערך בחינה עקרונית של מה הם תחומי הליבה החינוכיים אשר מן הראוי כי יישארו בטיפול של צה"ל באמצעות מפקדיו וקציני החינוך שלו, לעומת תחומים שיועברו לטיפול באמצעות גופים אזרחיים; ומהן ההשלכות שיש להרחבת ההישענות על מומחי ידע ותוכן אזרחיים במסגרת המכונים השונים על מעמדו, סמכויותיו ותפקידיו של קצין החינוך ועל תשתית הידע העומדת לרשותו.
פעילותה של הרבנות הצבאית בשנים האחרונות לוותה בהתנגדויות של גורמי פיקוד ומטה בחיל החינוך (כולל קצין חינוך ראשי, תא"ל
אלי שרמייסטר), שטענו, כי היא פולשת לתחום החינוך. במרץ 2009 אישר הרמטכ"ל דאז,
גבי אשכנזי, עבודה שמטרתה הסדרת מערכת יחסי העבודה בין חיל החינוך לבין הרבנות הצבאית, אך חיל החינוך המשיך להתלונן על חדירת הרבנות הצבאית לתחומו.
ברביבאי תבדוק את כל היבטי השירות המשותף
שרמייסטר הצביע על תופעה של שינוי בסטטוס קוו שהיה קיים בנושאי דת בצבא ועל קשר בין שינוי זה לבין אופיין של פעילויות החינוך בצה"ל, ובמיוחד אלו הנוגעות לזהות ישראלית-יהודית ולתודעה יהודית. ביוני 2011 קבע ראש אכ"א דאז,
אבי זמיר: "תהליכי הכרסום והסחיפה בבסיס השירות המשותף מעצימים מאוד את האתגרים והאיומים על המשך קיום מודל צבא העם, ומחדדים מאוד את הצורך לעסוק בו כנושא אסטרטגי עבור הפיקוד הבכיר של צה"ל". בתגובה מסר צה"ל, כי הרמטכ"ל,
בני גנץ, הורה לראש אכ"א הנוכחית, אורנה ברביבאי לבחון בצורה סדורה את כל היבטי השירות המשותף.
מבקר המדינה מציין לחיוב, כי העשייה החינוכית מלווה את העשייה הצבאית המבצעית והתפקודית של החייל והיחידה, ויש בה כדי להשפיע על המשך התפתחותו וצמיחתו של החייל כאדם וכאזרח מדינת ישראל גם בתחומים שאינם מתחייבים מאופי השירות הצבאי.
על צה"ל לדאוג לכך שיינתנו למפקדים מירב הכלים כדי שיוכלו לבצע נאמנה את מלאכתם בתחום החינוך. עליו לשים דגש על הטמעת המסמכים המכוננים שבתפיסת החינוך בצה"ל, ועל הגדרת הכשירות הנדרשת ממפקדים בתחום השיח הפיקודי-חינוכי, והקנייתה בהכשרות רלוונטיות. על הרמטכ"ל להסדיר את תפקידיהם של חיל החינוך והרבנות הצבאית בתחום החינוך, ולבצע בחינה מעמיקה בנוגע לסוגיית הסדרת פעילותם.
"הטענות הנשמעות בצבא לגבי הקשר בין תופעה של שינוי בסטטוס קוו שהיה קיים בנושאי דת בצבא ובין אופיין של פעילויות החינוך בצה"ל, ובמיוחד אלו הנוגעות לזהות ישראלית-יהודית ולתודעה יהודית, מחייבות ביתר שאת, שהרמטכ"ל ופורום המטכ"ל יידרשו לנושא, יכריעו בו ויקבעו הנחיות ברורות. משרד מבקר המדינה מעיר, כי נוכח חשיבות הנושא, מן הראוי שהוא יעלה גם לדיון ולהכרעת הדרג המדיני, קרי שר הביטחון", מסיים הדוח.
