למרות ההתקדמות המשמעותית שנרשמה בתפקודו של המטה לביטחון לאומי (מל"ל) בשלוש השנים האחרונות, עדיין קיימים פערים משמעותיים בין החוק לפיו הוקם המטה לבין תפקודו בפועל. על ראש הממשלה,
בנימין נתניהו, לוודא שהמטה יוכל למלא את תפקידו כנדרש. כך אומר (יום ד' 13.6.12)
מבקר המדינה,
מיכה לינדנשטראוס, בדוח על המל"ל.
בצד החיובי מציין לינדנשטראוס את הנגישות השוטפת של ראש המל"ל לראש הממשלה, את ריכוז חלק מעבודת המטה בנושאי חוץ וביטחון בידי המל"ל והקמת המרכז הלאומי לניהול משברים. עם זאת, מצביע לינדנשטראוס על ליקויים ניכרים הנובעים בחלקם הגדול מכך שגופים ביטחוניים אחרים מסרבים לשתף פעולה עם המל"ל, ואילו נתניהו סבור במספר משמעותי של נושאים שיש לפעול בצורה שונה מכפי שנקבע בחוק המל"ל.
המל"ל אינו מרכז את כל הדיונים בנושאי חוץ וביטחון, ורובם (כולל ב"נושא מסווג") רוכזו בידי המזכיר הצבאי של נתניהו, למרות שאין לו יכולת של גוף מטה; ראש המל"ל אינו מוזמן לישיבות ועדת ראשי השירותים החשאיים; נוהל שאישר נתניהו מעביר לגופים אחרים חלק מהסמכויות שנקבעו בחוק כשייכות למל"ל; התנגדות מערכת הביטחון דחתה ואף ביטלה דיונים שיזם המל"ל בנושא התוכנית הרב-שנתית של צה"ל; המל"ל אינו שותף בכל הדיונים על המיזמים הביטחוניים המרכזיים (כך למשל לא היה מעורב בהחלטה לרכוש את מטוס ה"חמקן" ב-3 מיליארד שקל); המל"ל לא ביצע עבודת מטה בנוגע לתקציב הביטחון וכך נפגעה יכולתה של הממשלה לפקח על תקציב זה; בניגוד לחובתו בחוק, לא בחן המל"ל את תפיסת הביטחון של ישראל; המטה אינו ממלא את תפקידו בהעמקת הידע של שרי הממשלה בנושאי חוץ וביטחון; למל"ל אין תוכנית עבודה שנתית מסודרת.
בניגוד להמלצות וינוגרד וליפקין-שחק לינדנשטראוס מעיר לנתניהו: "במצב זה המל"ל איננו ממלא את ייעודו כפי שביקש המחוקק להשיג וכפי שעולה מהמלצות
ועדת וינוגרד ומהמלצות ועדת ליפקין-שחק [בעקבות מלחמת לבנון השנייה], ועדיין אינו מהווה את גוף המטה המרכזי לענייני חוץ וביטחון היכול להשיג את הערך המוסף הנדרש בתהליכי קבלת ההחלטות בנושאים שהם מהחשובים ביותר למדינת ישראל. עקב כך, בנושאים רבים לא מבוצעת עבודת מטה מתכללת, על-ידי גורם שאינו הגוף המבצע, המביאה בחשבון את כל ההיבטים הכרוכים בפעילות המדוברת ולכן תהליך קבלת החלטות בדרג העליון של מדינת ישראל בחלק מהנושאים החיוניים אשר בדרך כלל אינם גלויים לעין הציבורית, אינו מיטבי. בנוסף לכך, עקב יישום חלקי של חוק המל"ל עלולים להיפגע הראייה הכוללת בנושאי החוץ והביטחון, התאימות בין הגופים השונים במערכת הביטחון והזיכרון הארגוני בנושאים אלה".
לדעת לינדנשטראוס, הגורמים העיקריים המונעים מהמל"ל למלא את תפקידו כקבוע בחוק, הם ליקויים בהפעלתו בידי נתניהו, וליקויים פנימיים הבאים לידי ביטוי בתחלופה מהירה של ראשי המטה. "ראוי היה, כי תגובש תוכנית שתביא ליישום החוק בהקדם ותעמיד את המל"ל כגוף המטה המרכז את עבודת המטה של הממשלה בענייני חוץ וביטחון", אומר לינדנשטראוס. הוא מטיל על נתניהו את האחריות לוודא שהחוק ימולא והמל"ל יתפקד כפי שנקבע.
