האם ניתן היה למנוע את ההסתבכות? האם ניתן היה למנוע את התסבוכת סביב המשט הטורקי? דוח המבקר מגלה, כי שגריר טורקיה בארה"ב הציע בסוף אפריל 2010 לעמיתו הישראלי שישראל תפעל להעברת הסחורות לעזה דרך נמל אשדוד. באמצע חודש מאי נפגש סמנכ"ל משרד החוץ עם ציר בשגרירות טורקיה בישראל והציע להעביר את הסיוע ההומניטרי בדרכים מקובלות. רק ב-27.5.10, ארבעה ימים לפני ההשתלטות, הודיע מנכ"ל משרד החוץ לציר הטורקי על נכונותה של ישראל לקלוט את הספינות בנמל אשדוד.
משרד הביטחון וצה"ל התעלמו מהמל"ל קיים קשר הדוק בין הפרק הראשון בדוח המבקר - תפקוד המטה לביטחון לאומי - לבין הפרק השני, העוסק במשט הטורקי.
מיכה לינדנשטראוס מציין שהמל"ל כמעט שלא שותף בקבלת ההחלטות לקראת המשט ומצטט את תגובת המשנה לראש המטה: "בתקופה המדוברת מודר המל"ל מתהליכי קבלת ההחלטות בדרג המדיני הגבוה, ואף נתקל בחוסר שיתוף פעולה שיטתי מצד מערכת הביטחון... אין זה סביר לצפות מהמל"ל לעשות את הבלתי אפשרי".
הנה דוגמה אחת בלבד: ראש המל"ל דאז,
עוזי ארד, ביקש שנציג של צה"ל ישתתף בדיון שזימן ל-12.5.10 בנושא המשט. לשכתו של השר
אהוד ברק הגיבה באומרה, כי היא מוכנה לקבל הזמנות כאלו רק ממזכירו הצבאי של ראש הממשלה. בסופו של יום, נציגי המשרד וצה"ל לא השתתפו בדיון - בניגוד להוראות חוק המל"ל.
ברק סירב למסור פרטים "חלק מהמשרדים האלה נוצרו בשביל ליצור דבק קואליציוני. בסוף המערכת פועלת ככה שהמוסד וצה"ל והאחרים כפופים לראש הממשלה והרמטכ"ל כפוף לשר הביטחון. אי-אפשר לעשות מזה שלוש או ארבע קומות. זה לא שיש צורך בשר נוסף לעניינים אסטרטגיים". זוהי דעתו של אהוד ברק על משרדו ותפקידו של השר משה יעלון. לאור זאת אין פלא, שיעלון לא זכה לשיתוף פעולה מצד צה"ל בעת ההכנות למשט.
יעלון אמר לנציגי המבקר, כי ב-25.4.10 קיים דיון במשרדו בנושא המשט ואחריו שוחח לפחות שלוש פעמים עם ראש הממשלה,
בנימין נתניהו, ועם מזכירו הצבאי, אלוף
יוחנן לוקר, בניסיון לכנס דיון שרים - אך לשווא. תגובתו של נתניהו הייתה: "כן, כן, צריך להכין". יעלון הוסיף: "מרגע שעצרו אותי נמנעתי מלטפל. מבחינה קונסטיטוציונית כל מה שעשה ראש הממשלה - עשה בסדר. אבל מבחינת השכל הישר - חשבתי שנכון לקיים דיון בהשתתפות כל השרים. שר הביטחון טרפד כל דיון, הוא טען שזו אחריותו ושהוא מופקד על זה".
ברק התנהג בדיוק באותה צורה גם ברגע האמת - בדיון המכריע בשביעייה ב-26.5.10. יעלון העיד, כי השרים העלו שאלות בנוגע להשתלטות על האוניות ובראשן ה"מרמרה", אך ברק סירב להשיב באומרו שזה אינו דיון מבצעי, וזכה לגיבוי מצידו של נתניהו. אפילו כאשר שאל נתניהו "אז מה אתם מציעים לעשות?", השיב ברק בצורה לקונית ביותר: "את הצד המעשי הצבא הכין. אני לא חושב שכדאי לעבור דרך זה, של איך משתלטים על זה".
