המשטרה אינה מתכוונת להאריך את מעצר הבית של הרב הראשי לישראל, הרב
יונה מצגר, המסתיים הלילה בחצות (24/25.6.13). כך אמר רב-פקד יהודה ויור בעת הדיון בהארכת מעצרו של חיים ניסן איזנשטט, נהגו של הרב מצגר. איזנשטט חשוד בקבלת דבר במירמה בנסיבות מחמירות, מירמה, הפרת אמונים, לקיחת שוחד ו
הלבנת הון.
סניגורו של איזנשטט, ד"ר גיל עשת, טען לאפליה לרעה בין מרשו לבין הרב מצגר, שכאמור לא נעצר כלל. ואולם, סגן נשיאת בית משפט השלום בראשון לציון,
ירון לוי, קבע שהחשש לשיבוש הליכים מצידו של איזנשטט חמור יותר מאשר יתר המעורבים בפרשה, "בין היתר לאור דפוס הפעולה שלו כפי שעולה מחומר החקירה". לוי הוסיף, כי הראיות שהציגה לו המשטרה מעמיקות את החשד כלפי איזנשטט, והאריך את מעצרו בשישה ימים.
קודם לכן שחרר לוי את שמחה קרקובסקי והרב ניסן ציוני למעצר בית בן עשרה ימים. ציוני, מנהל בית מדרש והכשרת רבנים ודיינים בתל אביב, רב כולל "שירת דבורה" בתל אביב ומנהל עמותת "צדקה ומשפט", חשוד בעבירות על איסור הלבנת הון ומתן שוחד. קרקובסקי, מנהל עמותת "בית התבשיל" בבני ברק, חשוד בעבירות על איסור הלבנת הון ומתן שוחד.
בהסכמת הצדדים הורה לוי, כי ציוני וקרקובסקי ישהו במעצר בית בן עשרה ימים בבתיהם תוך הפקדת ערבויות של 100,000 שקל כל אחד. יציאתם מן הארץ נאסרה למשך 180 יום.
במקביל קבעה מחלקת ייעוץ וחקיקה במשרד המשפטים, כי סמכויותיו של הרב מצגר בהליך בחירת הרבנים הראשיים הבאים יועברו לרב הראשי הספרדי, הרב
שלמה עמאר. בין 150 חברי הגוף הבוחר נמצאים עשרה רבנים שבוחרים הרבנים הראשיים לישראל, ולאור הודעתו של הרב מצגר על השעייתו העצמית מכל תפקידיו, התעוררה השאלה בידי מי תהיה סמכות זו. עו"ד הראל גולדברג קבע, על דעתו של היועץ המשפטי לממשלה,
יהודה וינשטיין, כי מאחר שבמקרים אחרים קובע החוק שהרב הראשי הנותר ימלא את סמכויותיהם של השניים - יש להקיש שזהו המצב גם כאן.