ראש אגף החקירות במשטרה, ניצב מני יצחקי, ממליץ להעמיד לדין את הרב הראשי לישראל לשעבר, הרב
יונה מצגר. המלצת המשטרה הועברה לפרקליטות מחוז ירושלים, הצפויה לאמץ אותה משום שהיא מלווה את החקירה בזמן אמת. ההחלטה הסופית מצויה בידי היועץ המשפטי לממשלה,
יהודה וינשטיין, והיא כפופה לשימוע שיוצע למצגר אם יאמץ וינשטיין את ההמלצה.
מצגר נחשד, כי קיבל לאורך שנים מילוני שקלים בתמורה לקבלת החלטות וביצוע פעולות תחת סמכותו כרב הראשי כגון תרומות, גיורים ומינויי רבנים. בעת מעצרו של מצגר, בנובמבר שעבר, ייחסה לו המשטרה עבירות שוחד,
הלבנת הון, הדחה בחקירה, קבלת דבר במרמה ועבירות נוספות. בין היתר טענה המשטרה, כי מצגר שלשל לכיסו אחוזים ניכרים מתוך תרומות שגייס עבור עמותות.
בית המשפט האריך אז את מעצרו של מצגר בעשרה ימים, רמז שהיה מאריך אותו גם בתקופה ארוכה יותר והתייחס בחומרה מיוחדת לחשד לפיו מצגר ניסה לשבש את החקירה.
בידי המשטרה עד מדינה נגד מצגר, אשר שמו נאסר לפרסום אך זהותו ידועה לרבים במגזר הדתי והחרדי. לפי פרסומים קודמים, העד נאלץ לעזוב את מקום מגוריו לאחר שספג עלבונות והטרדות לנוכח הסכמתו לשמש כעד מדינה. במקביל פורסם - אם כי המשטרה לא אישרה זאת רשמית - שבתוך ספרי קודש בביתו של מצגר נמצאו 40,000 דולר, ועוד 150,000 דולר התגלו ברשותה של אחותו.
סנגוריו של מצגר, עוה"ד פרופ'
דוד ליבאי ואלעד רט, מסרו בתגובה: "אנו מברכים על סיומה של חקירת המשטרה בעניינו של הרב מצגר. הרב הכחיש בחקירתו את החשדות שיוחסו לו, ולאחר שנקבל את חומרי החקירה נציג את טיעונינו בפני הפרקליטות".
