הרב הראשי לשעבר, יונה מצגר, מואשם בקבלת שוחד בסכום ריאלי של 10 מיליון שקל במהלך כהונתו שהסתיימה לפני שנתיים. עוד הוא מואשם במרמה, גניבה בידי מורשה, הלבנת הון ועבירות מס. כתב האישום נגדו הוגש (יום ג', 13.10.15) לביהמ"ש המחוזי בירושלים. כתב האישום - מהחמורים ביותר שהוגשו בישראל על עבירות שוחד - חושף שעד המדינה בפרשה הוא חיים אייזנשטט, נהגו לשעבר של הרב מצגר, שהיה מקורב ביותר אליו.

בפרק הראשון של כתב האישום נטען, כי הרב מצגר הפנה אל הרב גבריאל כהן מלוס אנג'לס תושבי חוץ - בעיקר רוסים - שהיו מעוניינים בגיור או בבירור יהדותם, והתחלק עימו בשווה בתשלומיהם של אותם פונים. אחד מהם היה ולדימיר סלוצקר, לשעבר נשיא הקונרס היהודי ברוסיה, ששילם לכהן 360,000 דולר תמורת אישור יהדותם של ילדיו. בסך-הכל קיבל הרב מצגר 390,000 דולר, מתוכם נתן לאייזנשטט 130,000 דולר.

הפרק השני עוסק בתרומות שגייס הרב מצגר, בסיועו של אייזנשטט, לטובת מספר עמותות בישראל, תוך ניצול מעמדו ונסיעותיו לחו"ל. בתמורה קיבל הרב מצגר 20%-50% מכספי התרומות, מבלי שהתורמים ידעו על כך. הרב מצגר מצידו נתן לאייזנשטט כשליש מהכספים שהוא עצמו קיבל.

בין היתר מדובר בתרומות לעמותת "חסדי שבת" (כולל 320,000 שקל של רועי מור ו-74,000 דולר של בני אלג'ם); בתרומות לעמותת "בית התבשיל" ועמותות הקשורות עימה (כולל 105,000 שקל של לאוניד נבזלין, 300,000 שקל של יוסי פריאל, 75,000 שקל של רועי מור ו-30,000 דולר של ריימונד ואייזיק גינדי - בעלי סנצ'ורי 21); בתרומות ל"כרמי העיר" (מתוכן קיבל הרב מצגר 25,000 דולר); ובתרומות לעמותת בעלז (מהן קיבל הרב מצגר 15,000 דולר).

הפרק השלישי בכתב האישום עוסק בטובות הנאה שלטענת המדינה קיבל הרב מצגר תמורת פעולות הקשורות במילוי תפקידו, ובהן:

• רונלד איזייב שילם לרב מצגר 18,000 דולר תמורת עריכת חתונת בתו והעביר לו 50,000 דולר למימון סרט תדמית.

• אלכסנדר משקביץ שילם לרב מצגר 200,000 דולר תמורת השתתפותו בארבעה כנסים של ראשי הדתות בקזחסטאן, ועוד 150,000 דולר תמורת עריכת נישואי בתו והשתתפותו באירוע עם נשיא קזחסטאן.

• משקביץ ומיכאל מירשלווילי נתנו כל אחד לרב מצגר 250,000 דולר לרגל נישואי בנו ביולי 2010.

• טלמן איסמאילוב ביקש מהרב מצגר ברכה כאשר רכש מטוס פרטי, ובתמורה העביר לו 500,000 דולר. אייזנשטט קיבל 100,000 דולר מתוך סכום זה.

• אלכסנדר ברונשטיין נתן לרב מצגר 100,000 דולר - 70,000 דולר לרכישת ספר תורה שישמש אותו בנסיעותיו ו-30,000 דולר תמורת עריכת "חאלקה" לבנו.

• גדעון ניסנבוים נתן לרב מצגר 10,000 אירו תמורת השתתפותו בטכס יום השואה בוורשה באפריל 2013.

• אלכסנדר גרנובסקי נתן לרב מצגר 25,000 דולר תמורת השתתפותו במסיבת יום הולדתו ה-40.

על-פי אישום נוסף, הרב מצגר גנב 28,000 דולר שקיבל כתרומה לישיבה שפעלה בבית הכנסת "תפארת צבי" בתל אביב, בו הוא כיהן ומכהן כרב. אישום נוסף מייחס לרב מצגר קבלת שוחד של 70,000 דולר מטלמן איסמאילוב תמורת מינויו של מקורבו, הרב יניב נפתלייב, לרב העדה הקווקזית בישראל, בטכס מפואר בו הפליג הרב מצגר בשבחיו של איסמאילוב.

המדינה טוענת עוד, כי הרב מצגר ניסה להדיח בחקירה את אייזנשטט, כאשר לחץ עליו למסור גירסה שתגן על הרב מצגר ושימסור עדות שקר. בין היתר, נטען בכתב האישום, עשה זאת הרב מצגר כאשר אייזנשטט בא לנחמו על פטירת אמו. הרב מצגר מואשם גם בעבירות מס בשל אי-דיווח על הכנסותיו הבלתי חוקיות, ובהלבנת הון בשל הפעולות שביצע ברכוש זה. כתב האישום הוגש בידי עוה"ד דניאל ויטמן ואילה גלברד-יעקב.