הכנסת טוענת כי יש לדחות את העתירות המבקשות לבטל את חוק ההסדרה. זאת, בטענה כי יש להשאיר בידי הכנסת מרחב תמרון רחב של שיקול דעת בהסדרת הסוגיה הנוגעת למצב הקרקעות ביהודה ובשומרון.
"ייחודיות המצב הקיים בשטחי יהודה ושומרון והנסיבות להיווצרותו, העובדה שהחוק מהווה פתרון נקודתי הצופה פני עבר בלבד, והסוגיות המדיניות והפוליטיות המובהקות הכרוכות בעניין, וכל זאת לצד הליך חקיקה מקיף ומעמיק, מובילים למסקנה כי יש לדחות את העתירות ולהותיר בידי הכנסת מרחב תמרון רחב של שיקול דעת בהסדרת הסוגיה", כתבו היועץ המשפטי לכנסת, עו"ד
איל ינון, ועו"ד אביטל סומפולינסקי, בתגובת הכנסת שהוגשה (יום ג', 19.9.17) לבית המשפט העליון.
עוד הוסיפו כי חוק ההסדרה מייצר את אותו פתרון לא שגרתי לבעיה קשה ולא שגרתית המאפשר את הסדרת המקרקעין והקצאתם לטובת ההתיישבות לצד מתן פיצוי הולם לבעלי הקרקע. "מדובר בהסדר ייחודי, שאף שאינו בהלימה מלאה עם דיני הקניין בישראל או באזור, לדעת רוב חברי הכנסת הוא מאזן בין מכלול הנסיבות, הזכויות והאינטרסים הנוגעים בדבר. חשוב לזכור בהקשר זה, כי חוק ההסדרה אינו משנה את "כללי המשחק", והוא אינו מתיימר לשנות את הדין המקומי הקיים שימשיך לחול על כל הבנייה מכאן ולהבא, שכן החוק חל רק על העבר", ציינו.
תגובת הכנסת כללה גם התייחסות אל עמדתו האישית של עו"ד איל ינון ולהתנגדותו לחוק ההסדרה במהלך החקיקה תוך שהיא מדגישה את מחויבותו לייצג את הכנסת על-פי ההכרעה בחקיקה. "במהלך הליך החקיקה היועץ המשפטי לכנסת הצביע בפני חברי הכנסת על קשיים חוקתיים משמעותיים במישורים שונים הגלומים בהצעת החוק. אולם משבחרה הכנסת לאשר את החוק בנוסחו זה, מייצג היועץ המשפטי לכנסת את עמדת הכנסת כפי שזו באה לידי ביטוי בהכרעתה", לשון תגובת הכנסת.