משרד ראש הממשלה הוא המחליט אילו רשויות ינותקו ממים. את ההחלטה מקבל מנכ"ל המשרד, אביגדור יצחקי, לאחר שזו עברה את אישור משרד הפנים והתשתיות. כך מסר (יום ג', 17.2.04) מנכ"ל 'מקורות', עמוס אפשטיין, בישיבה של ועדת הפנים של הכנסת - הדנה בנושא ניתוק מים בשל חובות הרשויות המקומיות.
לדבריו, "זה בגלל רגישותו של ראש הממשלה; לפעמים הוא מבקש ממני לחכות שבוע שבועיים".
יו"ר הוועדה המחליף, ח"כ דוד אזולאי (ש"ס), הופתע מהדברים הללו ואמר שהוא רואה זאת בחומרה וכי יש להפסיק לאלתר את הנוהל של פניה למשרד ראש הממשלה. "ממתי משרד ראש הממשלה מתערב בנושאים הללו? אני מבין שמשרד התשתיות והפנים קשורים לכך, אבל משרד הממשלה?", התפלא אזולאי.
הוועדה דנה בנושא לאור פנייתם של ח"כ מגלי והבה וחיים כץ (ליכוד). הרשויות הערביות הן הסובלות העיקריות מניתוק המים על-ידי חברת מקורות, כאשר לרוב, חברת מקורות מנתקת אותן בשל חוב שלא שולם וללא הודעה מוקדמת. מה שקורה הוא: אספקת המים מנותקת גם לאזרח ששילם את החשבון.
ראשי מועצות שהשתתפו בישיבה, מחו נגד הענישה הקולקטיבית של חברת מקורות. ראש מועצת ירכא, אברהם אבו ריש אמר: "ידה של מקורות קלה על ההדק. הריבית שמקורות גובה רצחנית - 20% בכוונתי לתבוע את החברה". בעקבות דבריו הסביר אפשטיין, כי מקורות מקפידה לא לנתק מים בשבתות וחגים, ומנסה להתחשב ברשויות שבגירעונות תקציביים.
קובי שלום, עוזר מנכ"ל משרד הפנים, אמר שיצירת תאגידי מים הוא פתרון טוב ובדעת משרד הפנים לכפות זאת על הרשויות כבר בחודש יולי 2004. לעניין פתרון לטווח הקצר אמר, כי משרד הפנים מבקש מחברת מקורות לפרוש את חוב הרשויות הנמצאות בתהליך הבראה.