היועץ המשפטי לממשלה,
אביחי מנדלבליט, ופרקליט המדינה,
שי ניצן, מבקשים מבג"ץ (יום ג', 6.11.18) לבטל את החלטתו של שר המדע,
אופיר אקוניס, שלא לאשר את מינויה של פרופ' יעל אמתי כחברה במועצת הנגידים של קרן גרמניה-ישראל למחקר ופיתוח מדעי.
הקרן הוקמה בשנת 1986 ומנוהלת בידי מדענים משתי המדינות. אמתי דורגה בראש רשימת ארבעת המועמדים לאיוש משרתו של אחד מהנציגים הישראלים, לנוכח התמחותה ברפואה (לבקשת הקרן) ובשל היותה אישה (שני הנציגים הישראלים האחרים הם גברים). היועצת המשפטית של משרד המדע לא מצאה מניעה למנות את אמתי, אשר חתמה על הסדר
ניגוד עניינים והוכנה טיוטה של כתב המינוי.
לפני ארבעה חודשים החליט אקוניס שלא לאשר את המינוי, בנימוק שאמתי עברה על החוק כאשר חתמה בשנת 2005 על עצומה של 360 אקדמאים שהביעו תמיכה בסירובם של חיילים לשרת ביהודה ושומרון. בעצומה נטען, כי השירות ביו"ש "כרוך לעיתים קרובות מדי בביצוע פקודות שאין להן מקום בחברה דמוקרטית", וכי "אין מלחמה זאת מלחמה על הבית כי אם על המשך הדיכוי והמשך מפעל ההתנחלות". החותמים הביעו את נכונותם לסייע לסרבנים בכל קושי בו ייתקלו וקראו לעמיתיהם לנהוג כמותם.
אקוניס הסביר, כי פסל את מינויה של אמתי לא בשל דעותיה הפוליטיות, אלא משום שלדעתו - החתימה על העצומה הייתה קריאה להפרת חוק, ולפיכך היוותה בעצמה עבירה פלילית. עוד אמר, כי אמתי השתמשה באותה עצומה בתוארה האקדמי, ובכך עירבה בעצמה את מקצועה האקדמי עם תוכן הדברים. אקוניס ציין, כי לא ביטל את מינויה של אמתי אלא החליט שלא לקבל את המלצת הדרג המקצועי, דבר המצוי בסמכותו.
לעומת זאת סבורה הפרקליטות, כי יש לפסול את החלטתו של אקוניס, משום שהיא אינה מאזנת בצורה סבירה בין כל השיקולים הרלוונטיים. שרים אכן מוסמכים להביא בחשבון שיקולים ערכיים בעת ביצוע מינויים, אך במקרה זה - אקוניס נתן משקל מכריע לשיקול בודד. המינוי הוא לתפקיד מדעי מובהק, לו יש לאמתי כישורים מתאימים, בעוד החתימה על העצומה הייתה אירוע בודד לפני 13 שנים, היא לא קראה לסרבנות ולכן לא היוותה עבירה פלילית.
הפרקליטות גם מביעה חשש מפני אפקט מצנן, שיגרום לאחרים להימנע מלהביע את דעותיהם - ודאי בעידן בו כל התבטאות נשמרת לנצח וניתנת לאיתור בקלות. לבסוף אומרת הפרקליטות, כי אקוניס נותר איתן בדעתו גם כאשר נמסרה לו עמדתה. תגובת הפרקליטות הוגשה באמצעות עוה"ד ענר הלמן ויונתן נד"ב. משרד המשפטים מסר בתשובה לשאלת News1, כי אקוניס לא יוכל להציג את עמדתו בפני בג"ץ באמצעות עורך דין מטעמו.