דיון סוער ומתוח בנושא הרס בתי הכנסת, התקיים במליאת הכנסת לאחר שלא פחות מ-75 חברי כנסת דרשו לקיים דיון פגרה מיוחד בנושא. הדיון עלה לסדר היום באיחור, שכן התקיים לאחר שהושלמה נסיגת צה"ל מרצועת עזה, ועל רקע התמונות הקשות של שריפת והשחתת בתי הכנסת על-ידי הפלשתינים.

חברי הכנסת מהימין, תקפו חריפות את הפלשתינים על מעשי ההשחתה. ח"כ אורי אריאל (האיחוד הלאומי), קרע את כנף חולצתו כמעשה אבל, ואמר כי "אין אומה בעולם שיש לה חיסיון מפני החובה לשמור על המקומות הקדושים. הרבנות הראשית לישראל קובעת כי בתי הכנסת בגוש קטיף הם מקומות קדושים ויש לנהוג בהם כבוד ביושבם וכבוד בחורבנם. הריסת בתי הכנסת מהווה פשע מלחמה ויש לשקם את בתי הכנסת שחרבו".

ח"כ מאיר פרוש (יהדות התורה), השווה את הפלשתינים לנאצים. "מחריבי בתי הכנסת הם ברברים, ממשיכי דרכם של הנאצים, חיות אדם שעשו מעשה של ליל הבדולח", אמר בדיון.

יו"ר ש"ס, ח"כ אלי ישי, שיזם את הדיון במליאה, אמר כי הרס בתי הכנסת הינם מעשה שפל. "אפילו במדינות כמו אירן וסוריה, ותחת משטרו של סאדם חוסיין בעירק לא הרסו בתי כנסת", אמר.

חברי הכנסת מסיעות השמאל ומהסיעות הערביות, האשימו את הממשלה בכך שיצרה פרובוקציה כשלא החליטה לפוצץ את בתי הכנסת בעצמה. ח"כ אחמד טיבי (חד"ש-תע"ל), אמר כי: "אני לא אוהב לראות תמונות של מבנים שעולים באש, לרבות אלה שהיו להם ערך כלשהו.

ממשלת ישראל החליטה להרוס את 'המבנים ששימשו בתי כנסת', כפי שכינה אותם ראש הממשלה, אבל אחר כך עשתה 'פליק-פלאק' לאחור ושינתה את עמדתה וכל זה מחמת הפחד ממרכז הליכוד. אני מצדיק את הריסת בתי הכנסיות ברצועה אך לא את שריפתם. הבעיה היא שאתם מבקשים מהפלשתינים שיהיו יותר יהודים מיהודים. כל סמל של כיבוש הרשות מחויבת להרוס".

ח"כ עבד אל מאלכ דהאמשה (רע"מ), אמר כי החלטת הממשלה להשאיר את בתי הכנסת על תילם, הינה החלטה פוליטית. "הרב הראשי לישראל, יונה מצגר, הסביר לממשלה כיצד לפרק את בתי הכנסת מבלי לפגוע מקדושתם. זאת אומרת שיש דרך לעשות זאת, אז מדוע החליטה הממשלה בכל זאת שלא להרוס? מדובר בהחלטה פוליטית".

יו"ר הכנסת, ראובן ריבלין, זעם על דבריו של דהאמשה ואמר כי "בן בליעל יהיה מי שיאמר כי הרס מסגדים הוא עניין פוליטי. אנחנו לא אומרים למוסלמים מתי מסגד מפסיק להיות מסגד, אז אתם אל תחליטו עבורינו מתי בית כנסת חדל להיות בית כנסת".

סגן שר הביטחון, זאב בוים (ליכוד) שהשיב בשם הממשלה, אמר כי אין להאשים את ממשלת ישראל בכך שהחליטה שלא להרוס את בתי הכנסת תוך שהתחשבה בדעת הרבנים הראשיים.