מקצוע ההיסטוריון מעמיד את העוסק בו בפני דילמות קשות, לעיתים קשות מנשוא. משא ההיסטוריה על מורכבותה, סוגיותיה הנפתלות ודרכי פרשנותה וניתוחה הסבוכות, מציב בפני ההיסטוריון קשיים למכביר, שרק במאמצים אינטלקטאליים, כשרונות וכוחות נפש ורוח מרובים ניתן להתגבר עליהם. קשה המצב שבעתיים כאשר ההיסטוריון מטפל בסוגיות, שהוא עצמו היה מעורב בהן אישית, והיה חלק בלתי נפרד מהן. הפרדת ה"אני" מהמהלך ההיסטורי היא עבור ההיסטוריון המקצועי משימה כמעט בלתי אפשרית.
ישראל גוטמן, שהלך (יום ג', 1.10.13) לעולמו, השכיל לא רק להתגבר על האתגרים שמציב מדע ההיסטוריה בפני ההיסטוריון, אלא יתרה מזו: הוא הצליח לאורך כל שנות פעילותו המדעית בת עשרות השנים להותיר את עצמו, ניצול מרד גטו ורשה, אסיר במחנות אושוויץ-בירקנאו, מיידנק, מאוטהאוזן ואחרים, מחוץ לנרטיב הההיסטורי, והוכיח בכך את גדולתו הן כהיסטוריון והן כאדם.
לכל הסוגיות המרכזיות בתולדות השואה בהן טיפל ועליהן כתב, הוסיף גוטמן את הפן המוסרי, האנושי, האינדיווידואלי, היהודי, שבלעדיו אין להבין לאשורה ולעומקה תקופה זו. במחקריו שילב ביד אמן את רצף הנתונים והעובדות עם ניתוח היסטורי מבריק, מקורי ומעמיק, רחב אופקים ובעל מעוף, בהעניקו להיסטוריה של תקופת השואה משמעויות ותובנות, שמעטים לפניו זכו להגיע עדיהן.
החוליות השונות בביוגרפיה המדעית של גוטמן מאפשרות את הערכת פעלו ההיסטורי במכלול אחד. דומני שתרומתו הייחודית לחקר השואה היא הביאור והניתוח של דפוסי תגובות היהודים המגוונות בימי השואה ותרגומן לשפת המעשה. גוטמן היה משוכנע שניתוח היסטורי זה חיוני כדי שתגובות היהודים ייעשו נהירות ומובנות למי שלא היה שם, ושכחלוף עשרות בשנים קשה לו להתחבר רגשית ושכלתנית לאימי תקופת השואה.
בחיבוריו על התפתחותן וכינונן של תנועות המרי וההתנגדות המזוינת היהודית בוורשה ובאושוויץ, חשף גוטמן את התנאים והנסיבות להיווצרותן והעלה על נס את נושאיהן, חברי תנועות הנוער החלוציות-הציוניות. היו אלו בני הנוער היהודים, שצעדו בשעה כה גורלית אל קידמת הבמה ההיסטורית, בהחליפם את ההנהגה הוותיקה שעמדה חסרת אונים אל מול רשעות הגרמנים הטוטאלית ותאוות הרצח הבלתי-מסויגת שלהם.
בזכותו של גוטמן נתפרסמו פרטים חשובים על פעילותה והרכבה של תנועת המחתרת הציונית באושוויץ-בירקנאו, תנועה שגוטמן עצמו היה חבר מרכזי בה. בצניעות אופיינית טשטש גוטמן במכוון את חלקו הניכר בהישגיה של תנועת המחתרת, שסיפורה המלא טרם נחשף במלוא עד היום. כך גם נטל עימו גוטמן לקברו את פרטי פעילותה של המחתרת היהודית במיידנק, שגם בה היה שותף.
משמעותית ונכבדה הייתה תרומתו של ישראל גוטמן למוניטין הבינלאומי של יד ושם, שעם עובדיו הבכירים נמנה ממחצית שנות ה-60. המוניטין האישי של גוטמן כחוקר מוערך ומוכר ברחבי העולם הוקרן ליד ושם, ובהשראתו הפך למוסד מחקר ראשון במעלה שהכל משחרים לפתחו. גוטמן, בתפקידיו כהיסטוריון הראשי וכראש המכון הבינלאומי לחקר השואה של ותחת שרביטו של יו"ר ההנהלה
אבנר שלו, הצעיד את המוסד לפסגת מוסדות החקר הנחשבים בעולם.
רבים הם תחומי פעילתו של ישראל גוטמן הראויים להערכה וקצרה היריעה מלהזכיר את כולם. האנציקלופדיה של השואה, מפעל חלוצי ראשון מסוגו שישראל גוטמן יזם והיה עורכו הראשי, היא מפעל מופת של יד ושם וספריית פועלים. האנציקלופדיה, שתורגמה לשפות רבות, תרמה להפצת ידע השואה בקרב הציבור הרחב בארץ ובעולם כולו.
היצירה ההיסטורית של ישראל גוטמן נכתבה ונוצרה מתוך שיקול דעת, תחושת אחריות, זהירות מוקפדת, ובמתינות. ממש כפי שההיסטוריון עצמו, ישראל גוטמן, היה כאדם. משפט אחד, שאמר בדיון שהנחיתי לפני כמה שנים, חרות בזכרוני: "גם היום לא הייתי רוצה לראות מולי גרמני עם נשק ביד". גוטמן ראה בצעירותו גרמנים רבים עם נשק ביד, ויכול להם.