בית המשפט אימץ את עסקת הטיעון שנחתמה עם בני הזוג האפרתי, האחראים לפרשת הסוס הטרויאני, וגזר ארבע שנות מאסר בפועל ושנתיים מאסר על תנאי על רות האפרתי. על בעלה, מיכאל נגזרו שנתיים מאסר ו- 18 חודשי מאסר על תנאי (יום ב', 27.3.06).
השניים אף חוייבו לשלם סכום של מיליון ש"ח כל אחד ל- 27 הקורבנות של הפרשה.
חשוב לציין, כי בית המשפט החליט עוד, כי התקופה שכבר ריצו השניים במאסר בלונדון, תיחשב, כך שבפועל ירצו השניים זמן נמוך משמעותית מזה שנגזר עליהם היום.
כזכור, בני הזוג רות ומיכאל האפרתי נעצרו בחודש מאי 2005 בלונדון, בחשד לייצור ושיווק תוכנת הסוס הטרויאני והוסגרו לישראל בסוף חודש ינואר השנה, זאת לאחר שבית המשפט הבריטי דחה את ערעורם כנגד כוונת שלטונות בריטניה להסגירם לישראל.
כתב האישום שהוגש נגד בני הזוג חשף, כי "הכוח המניע" מאחורי פעילות בני הזוג היתה רות האפרתי, אשר לה מייחסת הפרקליטות עבירות של קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, חדירה לחומר מחשב כדי לעבור עבירה אחרת, החדרת נגיף מחשב, האזנת סתר שלא כדין, שימוש שלא כדין בהאזנת סתר, התקנת מכשיר למטרת האזנת סתר, פגיעה בפרטיות, ניהול מאגר מידע בלתי מורשה וקשירת קשר לביצוע פשע.
למיכאל האפרתי יוחסו עבירות קלות יותר של סיוע לקבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, סיוע לחדירה לחומר מחשב כדי לעבור עבירה אחרת, סיוע להחדרת נגיף מחשב, סיוע להאזנת סתר שלא כדין, סיוע התקנת מכשיר למטרת האזנת סתר, סיוע לפגיעה בפרטיות וסיוע לניהול מאגר מידע בלתי מורשה.
על-פי כתב האישום, מיכאל האפרתי "הגה ופיתח את הסוס הטרויאני שבו נעשה שימוש במסגרת פרשה זו. הפיתוח החל עוד בתחילת שנת 2000, כאשר בשלב מסויים נעשה ניסיון לשווק את התוכנה כדין לגופים ביטחוניים שונים. החל ממחצית שנת 2004 לערך, הוחל בניתוב הסוס הטרויאני לשימושים פליליים, זאת במסגרת התקשרות של רות האפרתי עם משרד חקירות "קרוכמל חקירות מיוחדות" ועם הנאשמים צבי קרוכמל ואלכס ויינשטיין. בשלב מאוחר יותר הורחבה הפעילות הפלילית גם לעבודה עם משרדי החקירות הפרטיות הנוספים - משרד 'מודיעין אזרחי חקירות' ומשרד 'בללי-פילוסוף חקירות'".
