בסוף חודש דצמבר 2005 הודיעו ברכבת ישראל כי הם מתחילים בהקמת הקטע הראשון בקו אשקלון-באר שבע. עתה מתברר כי משרד האוצר החליט לעצור את העבודות. ראש המועצה האזורית שער הנגב הודיע (ב', 21.8.06) כי "ההחלטה לעצור את הקמת מסילת הרכבת אשקלון- באר שבע, מקוממת. יישובי העימות בנגב ובגליל שוב משלמים את המחיר".
ראש המועצה, אלון שוסטר, מגייס בימים אלה את ראשי הרשויות באזור כדי למנוע את "ההחלטה השערורייתית והשגויה", לדבריו, להקפיא את פרויקט הרכבת מאשקלון לבאר שבע. מסלול הקו מתוכנן לעבור בערים וביישובי הנגב המערבי.
במועצה האיזורית מספרים, כי השבוע נודע כי משרד האוצר החליט להפסיק באמצע את הקמת מסילת הרכבת. הפסקת הבנייה, הם אומרים התקבלה במסגרת ההחלטה להקפיא פרויקטים בהיקף של כשישה מיליארד ש"ח, בהם פרויקטים דומים גם בגליל וגם בנגב. במועצה אומרים, כי התוכניות, כך על-פי האוצר, הוקפאו בשל ההוצאה הלא מתוכננת בעקבות המלחמה בלבנון.
בפנייתו הדחופה לשר האוצר, אברהם הירשזון, כתב שוסטר: "נדהמתי לקרוא הבוקר את החלטת האוצר. עולה מההחלטה, שהפריפריה שוכנת הגבול, בגליל ובנגב, משלמת פעמיים - פעם בשדה המערכה ופעם בעצירת הפיתוח החיוני", הוא הוסיף וציין "הייתכן שבמקום לעסוק בקבלת החלטות חדשות לפיתוח קווי העימות והפריפריות הרחוקות, מתקבלות החלטות לעצור פיתוח שכבר הוחלט עליו? השימוש בעלויות המלחמה בכדי להצדיק את הפגיעה הנוספת באזורי הקרבות הינו מקומם ואבסורדי".
שוסטר פועל בימים אלה לגיוס חברי כנסת וראשי הרשויות באזור - שדרות, נתיבות, אופקים, באר שבע וכן ראש מועצה איזורית מטה אשר בצפון, במטרה לאחד כוחות כדי למנוע את ההחלטה ולאפשר בהקדם את המשך העבודות על המסילה.