גורם בכיר בשב"כ מגלה (יום ב', 2.7.07) כי במהלך השנים האחרונות פועל החמאס בירושלים באופן חשאי על-מנת לחזק את מעמדו בתוך ירושלים המוניציפאלית. מטרת התנועה הינה לזכות בתמיכת הרחוב המזרח ירושלמי, ולהוות אלטרנטיבה שלטונית לישראל בעיר. במהלך החקירה של השב"כ והמשטרה נעצרו 11 פעילי חמאס תושבי מזרח ירושלים, עשרה מהם מחזיקים בתעודת זהות כחולה, בחשד שהקימו מפקדה בירושלים.
במהלך החקירה התגלו ראיות המצביעות על פעילות חמאס אינטנסיבית המבוצעת בתחומי ירושלים בדגש על הר הבית וזאת במימון גורמי חמאס בחו"ל. בשב"כ מספרים כי לצורך בניית כוחו של החמאס בבירה, הקים הארגון מפקדה חשאית, בה חברים פעילים מנוסים, ושילב את המפקדה בפעילות עם מפקדות נוספות בתוך הגדה ומחוצה לה.
במהלך החקירה אותרו מספר צירים להעברת כספי חמאס מחו"ל ונתפסו כספים במזומן שהוברחו לשטח בסכום כולל של 400 אלף שקל. במהלך השנה וחצי האחרונות הועבר למפקדת החמאס ירושלים סכום המוערך בלמעלה ממיליון ש"ח במזומן. מהראיות שנתפסו בתיק עולה שחלק גדול מהכספים שהועברו מהחמאס בחו"ל למפקדת החמאס בירושלים שימשו לפעילויות התנועה בהר הבית. בנוסף על כך עולה שהפעילות בהר הבית בוצעה במשותף עם התנועה האיסלאמית בראשות שיח' ראאד סלאח.
במערכת הביטחון אומרים כי עם מעצר החוליה שובשו באופן משמעותי הניסיונות של הארגון לבסס את כוחו בעיר.
