התגברות האיומים כלפי ישראל אינה מעמידה בסכנה את מי השתייה במוביל הארצי. הסיכוי להרעלת המים אפסי, שכן דחיסת חומר רעיל, לרבות חומר ביולוגי, למים הזורמים בלחץ כה אדיר אינה אפשרית. המקומות שבהם חשופים המים אינם מהווים סיכון גם כן, שכן אין מדובר במי שתייה, וקודם לכניסת המים אל המוביל הם עוברים בדיקה וסינון.