שר החקלאות, שלום שמחון, מינה את צבי אלון ליו"ר מועצת הצמחים, במקום ד"ר מרדכי כהן (קדמון). אלון, המשמש כסמנכ"ל בכיר לסחר חוץ, הוא עובד ותיק ומוערך במשרד החקלאות המכהן גם כיו"ר המועצה לגפן יין. מרדכי כהן (קדמון) יעמוד מעתה בראש שה"מ (שירות ההדרכה והמקצוע במשרד החקלאות).
מועצת הצמחים במתכונתה החדשה יצאה לדרך בנובמבר 2007, עם כינוס מליאת המועצה, שהוקמה לאחר הליך של ארגון מחדש. שינוי מבנה המועצה נדרש בעקבות מסקנות ועדת שאלתיאלי ולאחר החלטת השר שמחון להיענות לטענות חקלאים בדבר תפקוד המועצה במתכונתה הישנה.
לאור המלצות ועדת שאלתיאלי, יזם שמחון את החזרת סמכויות הניהול למגדלים, במסגרת תיקון חוק המועצה. במהלך 2007 נערכו בחירות בקרב החקלאים, לבחירת נציגיהם למועצה, וכן מונו נציגי גופים נוספים, בהם נציגי ממשלה, גופי צרכנות, שיווק ותעשיה.
השר שמחון אמר כי "צבי אלון הוא האדם הנכון בזמן הנכון וכי יפעל לקידום מטרותיה של המועצה החדשה לטובת חקלאי ישראל".