השופט דנציגר, שותפו לעמדה של השופט לוי, כתב כי "משהונח כל החומר הרלוונטי בפני נשיא המדינה ומשהחליט הנשיא לחון את פלוני הרי גם אם שר המשפטים אינו מסכים עם החלטתו של נשיא המדינה בדבר החנינה, עליו לחתום את חתימת הקיום, וזאת בדומה חחובתו לחתום חתימת קיום בהתייחס להפעלת סמכויות הנשיא שאין בהן שיקול דעת: שאם לא כן, תינתן לנציג הרשות המבצעת מעין זכות 'וטו' על הכרעות נשיא המדינה בתחום המסור לשיקול דעתו הבלעדי, דבר שייפגע באמוון הציבור במוסד הנשיאות"

הוא הוסיף כי סמכות נשיא המדינה לחון נידונים היא "סמכות ייחודית המיוחדת לרשות המחוננת והיא נועדה להקנות לנשיא, בתחום זה, חופש מלא להחליט כרצונו ולפי מיטב הבנתו. אל לנו לאפשר לרשות אחרת לנגוס בסמכות זו".

על השאלה האם מתאימה אישיות פוליטית להוות "יחידת בקרה" כלפי הנשיא, אמר רובינשטיין כי "אכן אין הדבר נטול בעייתיות, אך סביב השר ישנם מנגנונים לא מעטים...ולכן הסיכוי שהשר יפעל באופן לא ראוי כשהמנגנונים הללו במקומם - פוחת בהרבה. יתר על כן, השר נתון לביקורת ישירה של בית משפט זה בשבתו כבג"צ, דבר שעליו בודאי אין חולק. ומנגד, אין להתעלם מהמורכבות ...שבמנגנון התקיפה העקיפה - שעה ששר המשפטים מנוע מתחילה, במהלך מעשה החנינה, מהפעלת שיקול דעת, אך שיקול דעת זה נדרש מגורמים מינהליים, שבכגון דא אין הדבר ככלל נתון לשיקול דעתם".

השורה התחתונה, כותב רובינשטיין, "במקרה הנדיר והחריג, שבו לאחר שיקול דעת 'ידו של השר רועדת' בהרימו את עטו לשם חתימת הקיום, בידו שלא לעשות כן".

במקרה הנוכחי, כתב רובינשטיין, "אין מניעה לערוך בדיקה בנוגע לשלמות התמונה שבפני השר, ואולם ככל שעדיין לא תושג לאחר מכן הסכמה בין הנשיא לשר ותיוותר מחלוקת - והתקווה היא כי תושג הבנה, בגדרי השכל הישר והשכנוע ההדדי - אין השר מחויב בחתימת הקיום, וכמובן יוכל העותר לשוב ולהשיג על כך בגדרי המשפט המנהלי - ככל שתימצא לו עילה".

מדובר באסיר, זוהר (צרפתי), שהורשע בשנת 1996 בעבירות של רצח, אינוס וחטיפה בעבירת מין ונגזר דינו למאסר עולם. בעודו נושא בעונש עבר עבירות נוספות של סחיטה, תקיפה, כליאת שווא, איומים, החזקת סכין והדחת עד. על אלו נגזרו עליו עונשי מאסר נוספים.

בשנת 2004 ביקש זוהר לקצוב את עונשו. שרת המשפטים דאז לבני וועדת השחרורים המליצו לנשיא דאז קצב שלא להיעתר לבקשה "לנוכח התנהגותו העבריינית החמורה והמתמשכת". אך בדצמבר 2005 קיצר קצב את עונשו ל-32 שנות מאסר. לפיכך, שרת המשפטים סירבה להוסיף את "חתימת הקיום" על החנינה וכך גם שרי המשפטים שאחריה.

זוהר הגיש עתירה לעליון בדרישה להורות לשר המשפטים לבצע "חתימת קיום" על החנינה או לקבוע כי חנינת הנשיא אינה תלויה בחתימת הקיום של שר המשפטים והיא בתוקף גם ללא חתימה זו.

על נושא עצמאות מוסד החנינה, כולל במצב שבו שר המשפטים מתנגד לחון את האסיר הספציפי, נחלקו השופטים. דעת הרוב, השופטים לוי ודנציגר סברו כי סמכות הנשיא כ"רשות מחוננת" היא מוחלטת, וגם אם שר המשפטים סובר כי אין להעניק חנינה, עליו לבצע חתימת קיום.

לדברי השופט לוי "חתימת הקיום נועדה להבטיח כי כל הפעולות המקדימות להן נדרשים גורמי המנהל התקיימו כסדרן. כי כל החומר הרלוונטי נאסף והועבר לעיונו של נשיא המדינה, וכי הכלים עליהם אמונות רשויות המנהל, ודרושים לנשיא לצורך הכרעה, ניתנו בידיו. אם נמצא המידע שלוּקט חסר או שגוי, אם נמצא מי אשר בעותרו לחנינה ביקש להונות את הנשיא...אם נמצא כי בטעות או בכוונת מכוון הושמטו פרטים רלוואנטיים להחלטה, אם נמצא כי נפל פגם בהמלצה שהונחה בפני הנשיא – בכל אלה ועוד, תפקידו של השר הוא לוודא כי הטעון תיקון יתוקן בטרם יוסיף – כפי שהוא נדרש – את חתימתו. ומשהוספה החתימה, היא מאותתת לגורמי המנהל כי נסללה הדרך ליישומה של החלטה נשיאותית שבסיסה שלם. אכן, בשיקול-דעתו של הנשיא אין השר מתערב, אך מתפקידו להבטיח כי לִרְשות הנשיא עומד הדרוש לצורך הפעלתו של שיקול-הדעת שנמסר לו".

לדעת השופט לוי, "מלאכתו של השר בהקשרה של חתימת הקיום אינה משתרעת אלא על תחומי אחריותה של הרשות המבצעת בגדרו של הליך החנינה. ..זהו, להשקפתי, פירושה הראוי של הדרישה לחתימת קיום. זוהי תרומתו הממשית של מוסד זה לתקינותו של הליך החנינה ולנאותותו".

כאמור, בית המשפט העליון דחה את עתירתו. השופטים אדמונד לוי, אליקים רובינשטיין ויורם דנציגר קבעו כי יש להחזיר את הסוגייה הספציפית, חנינת זוהר, לבדיקתו של שר המשפטים, ולאחר מכן לנשיא המדינה שמעון פרס.

השופט לוי כתב כי "שוררת אי בהירות באשר לחומר ששימש בסיס להחלטת נשיא המדינה. על פניו כעולה מתשובת המדינה, קיים חשש כי מסיבה כלשהיא לא הגיע דבר התנהגותו של האסיר בעת מאסרו, עליו הצביעו הגורמים הממליצים, לידיעתו של הנשיא. חובתו של שר המשפטים הייתה ועודנה לברר את הסוגיה ולבחון אם לחשש כאמור אכן נמצא בסיס. ככל שיתברר כי המידע שהונח בפני הנשיא היה חסר, על השר לדאוג להשלמתה של התמונה והנשיא יחליט ככל שיחליט (אם ידבק בהכרעת קודמו או שיראה לשנות ממנה...). ככל שמנגד, יוברר כי החלטתו של הנשיא נתקבלה כשבפניו כלל המידע הרלוונטי, כי אז תיסלל הדרך להוספתה של חתימת הקיום בידי השר ללא עיכוב נוסף".

מנגד השופט רובינשטיין קבע כי חתימת הקיום של שר המשפטים מקנה לו "סוג של בקרה על הליך החנינה, לשם נקיון הדעת, כדי לוודא לא רק אם כל החומר הראוי הונח לפני הנשיא, אלא גם - למשל - אם לא נתערבו בהחלטה שיקולים זרים חלילה".

רובינשטיין הוסיף: "נער הייתי וגם זקנתי, ודומני - בכל הכבוד והיקר - שלא יתכן במערכת ממשל מי שחסין גם מבקרה חיצונית, מכובדת ועדינה ככל שתהא; אין מי שנעלה מכך. התפיסה האידיאליסטית של החלטה שאין ולא כלום אחריה אלא לפניה בלבד, כשיטות שציין חברי וכשיטת חברי עצמו, דומני כי יפה היא לשוכן שחקים ולא לבשר ודם. אכן, אין על החלטת הנשיא ערעור, אך דווקא משום כך יש צורך בבקרה, ליום סגריר ולמניעתו של שימוש לרעה, חלילה, בסמכות. חתימת הקיום של השר צריך שתהא מעין 'שומר שער' לנשיא. אומר בבירור: חתימת הקיום אינה באה לשלול את שיקול הדעת, אלא את שיקול הדעת החורג מן הדין בהיותו פגום".