המחלקה לחקירות כלכליות במשטרת ישראל מידרה בזמנו את המנכ"ל-דאז של מינהל מקרקעי ישראל,
יעקב אפרתי, ולא דיווחה לו על מהלך החקירות בפרשת השוחד הגדולה. לא נמסרו הסיבות לכך.
כדאי להזכיר, כי בחודש שעבר נעצר אפרתי ונחקר כאחד החשודים בפרשת השוחד הגדולה במתחם
הולילנד ירושלים. אפרתי מכהן כיום כיו"ר
רכבת ישראל, אחרי שפרש אשתקד מתפקיד מנכ"ל המינהל.
באוקטובר 2007 החדירה המשטרה למינהל את השוטר ערן כהן, בן 25, כדי שיפעל כסוכן סמוי ויאסוף חומר על החשדות לקבלת שוחד על-ידי פקידים במינהל. הכנסת כהן לעבודה במינהל, כעוזרו כביכול של החשוד המרכזי עופר עידה, נעשתה בידיעתו של המנכ"ל אפרתי. למעשה לא הייתה אפשרות אחרת להבטיח שהסוכן יתקבל לעבודה, בפרט בתפקיד שהמשטרה רצתה בו.
אולם מכאן ואילך, במשך שנה, לא דיווחה המשטרה למנכ"ל המינהל על התפתחות החקירה ועל המידע השוטף שערן כהן העביר אליה מדי פעם.
ייתכן, שהמנכ"ל אפרתי הוא שיזם את החקירה, והחלטת המשטרה לא לדווח נבעה מן הצורך לשמור על הנושא בחשאיות מירבית. המשטרה והפרקליטות אינן מפרטות בעניין זה.
בנובמבר 2008 עצרה המשטרה את עידה, את היועץ המשפטי של המינהל בתל אביב עו"ד ערן גיל, וחשודים אחרים. המשטרה ביקשה גם אז לשמור על המעצרים בסוד, אך בית המשפט המחוזי דחה את הבקשה. בצורה זו הפכה החקירה לגלויה.
עם זאת יצוין, שבכתבי האישום שהוגשו בשבוע שעבר לבית המשפט המחוזי בתל אביב, אין אזכור או רמז לכך שמנכ"ל המינהל או מישהו בצמרת ידעו על עסקי השוחד של הפקידים הכפופים להם.
