ש"ד העיד, כי ביקש מאביגדור קלנר לסייע כספית לאפרתי כאשר אשתו חלתה, אך אפרתי הכחיש: "אשתי עשתה ניתוח ברפואה הציבורית, לא נזקקנו לכסף ולא היו לנו הוצאות. כמובן שלא קיבלתי מד' ולא ממאיר רבין כסף, מאחר שלא הייתי צריך שום סיוע בניתוח של אשתי. יכול להיות שד' הוא פגע רע ואין לו גבולות והוא ניסה בשביל עצמו להוציא כספים מאביגדור קלנר".

דנקנר העיד שקודמו של אפרתי במינהל, אבי דרכסלר, ייצג את תעשיות מלח במו"מ עם המינהל, אך אפרתי הכחיש: "אבי דרכסלר לא ייצג אותם אצלנו לפי מיטב זכרוני".

אפרתי התייחס גם לפעילות מולו מצד בן-דודו, עמרם בניזרי: "פרטים קטנים. לא משהו מיוחד. כל מיני חברי מרכז ליכוד שלוחצים עליהם, חברים שלהם. מדובר באחד שעשה חריגות, למשל לולים שהופכים למחסנים. עמרם רצה שנעזור להם לפתור את העניין. הכל בהתאם לכללי המועצה וכלל המינהל. לא חרגנו בשום דבר". בחקירה אחרת (25.4.10), לאחר שטען ש"במינהל הכל ממוסמך", אישר אפרתי שאין כל תיעוד של פגישותיו עם רבין ובניזרי, משום שהן היו לא פורמליות ועלו בהן רק נושאים כלליים.

בנוגע לחוות מבחור שליד קריית גת אמר אפרתי (25.4.10), כי גם כאן התעניין רבין באופן כללי. הוא ידע שרבין עובד אצל ש"ד המועסק בידי הזרע, אך מאחר ששאלותיו היו כלליות – לא ראה כל בעיה במתן תשובות עליהן. לדבריו, הוא התפלא מדוע מנהלי הזרע העסיקו את רבין, "ואפילו אמרתי לו כמה פעמים. אמרתי למאיר, מה אתה מחפש פה?... הוא אומר שהוא מקבל משכורת מד' ועובד אצל ד'. זה מה שהוא אמר. מאיר לא אמר לי למה הם צריכים אותו". לדברי אפרתי, הוא הסכים להארכת ההרשאה של הזרע במבחור בהתאם לחוות הדעת המקצועית שסוכמה במינהל, כאשר שולה בן-צבי ורחל זכאי שכנעו אותו להסכים להארכתה ב-21 שנים.

על עמדתו של אולמרט בנושא חוות מבחור אמר אפרתי (3.5.10), כי השר ביקש ממנו "לתת להם מה שמגיע להם. אף פעם לא הנחה אותי לתת יותר ממה שמגיע". בנושא של מבחור, המשיך, אמר לו אולמרט "לבחון את המקרה, ללמוד את הפרטים שלו ולסכם הצעה" – כפי שעשה במקרים רבים אחרים.

הוא אישר, כי רבין התעניין אצלו גם לגבי התקדמות הטיפול בחוות מבחור. הדבר נעשה בשיחות טלפון או בפגישות באירועים, משום שאפרתי סירב להיפגש עם רבין ובניזרי במשרדו לאחר שפורסמה כתבה במעריב על קשריהם. לדברי אפרתי, "רוב הזמן אני לא עונה לו ואומר לו 'זה בטיפול'... אני לא יודע להגיד לך אם התשובה סיפקה אותו, אבל זאת התשובה היחידה שעניתי לו". אפרתי הדגיש, שאפילו אם רבין היה מבקש דבר מה לגבי חוות מבחור – מה שלא קרה – היה מקבל את אותה תשובה.

כאשר הוצג לאפרתי ההסכם לפיו קיבל ש"ד 100,000 דולר תמורת טיפולו בצירוף חוות יבור לאזור התעשיה בר-לב, הוא הגיב: "מדהים לראות את זה... זה בלי פרופורציות. לא יודע מה כל שכר הטירחה שלהם. או שקורים דברים אחרים, אני יודע? כמו שאני לא יכול להבין משכורות של בכירים בשכר של מיליון וחצי לחודש, אז אני לא יכול להבין את הסכום הזה". לדבריו, אין לו מושג מה היה חלקו של רבין מתוך תשלום זה.

אפרתי סיפר בחקירתו הראשונה (21.4.10), כי רבין בא למשרדו זמן קצר לפני שנעצר (אפרתי היה אז יו"ר הרכבת) ומסר לו "על סיפורי ד' ושהולך להתחולל פה מהומה... תחילה רבין אמר לי שהשם שלי לא מופיע ברשימת מקבלי השוחד של ד', ולאחר מכן בפגישה מאוחרת רבין אמר לי שגם אני מופיע ברשימת מקבלי השוחד של הולילנד. אני לא הבנתי, כי בגדול אני לא טיפלתי אף פעם למיטב זכרוני בהולילנד". באותה שיחה גם אמר רבין לאפרתי, כי עליו לצאת מתוך הנחה שהמשטרה מאזינה לטלפון שלו. "אין לי שום שיחות בעייתיות ולכן אמרתי [לרבין] שאין לי בעיה שיאזינו", הוסיף אפרתי.

בחקירתו האחרונה של אפרתי (24.5.10) הציגו לו החוקרים שורה של הפקדות כספים ניכרות בחשבון הבנק שלו: 44,932 שקל (10,000 דולר) במאי 2003, מזומן בסך 24,650 שקל ביולי 2003, צ'ק בסך 76,000 שקל באוגוסט 2003. על הפקדות אלו אמר אפרתי שאינו זוכר את מהותן. הפקדות מהותיות אחרות הסביר בחתונת בתו (78,450 שקל ו-31,000 שקל בנובמבר 2008) ואולי כהחזר ממס הכנסה (97,495 שקל במרס 2009). הוא אמר שאינו יכול להסביר ללא מסמכים כיצד מימנה רעייתו בנובמבר 2003 החלפת פז'ו 306 משנת 2001 בשברולט קוואליר מודל 2003.