ארגוני השמאל יש דין ובצלם טוענים כי מחקר שערכו מגלה שמערך החקירות הקיים כיום במערכת הביטחון הישראלית אינו מאפשר חקירה רצינית ואפקטיבית של חשדות לביצוע עבירות על-ידי חיילים במהלך לחימה.
כך למשל, נתוני בצלם המתייחסים למבצעים הצבאיים שניהלה ישראל ברצועת עזה בעבר מלמדים לכאורה על כישלונו של מנגנון החקירות בחקירת אירועי לחימה.
לאחר מבצע ׳
עופרת יצוקה׳, נבדקו על-ידי הצבא כ-400 אירועים שבהם עלה חשד להפרת החוק במהלך המבצע. בעקבות בדיקות אלה נפתחו חקירות מצ"ח ב-52 מקרים לפחות. בשלושה מקרים בלבד הוגש כתב אישום, והעונש החמור ביותר נגזר על חייל שגנב כרטיס אשראי.
תוצאות החקירות במבצע ׳עמוד ענן׳ לא היו שונות מהותית. הפרקליטות הצבאית מסרה כי נבדקו למעלה מ-80 אירועים. לגבי 65 מהם לא מצא הפרקליט הצבאי הראשי לנכון לפתוח בחקירה פלילית, נכון לאפריל 2013. לבצלם לא ידוע על חקירות פליליות שנפתחו בעקבות המבצע.
נתוני ארגון יש דין, המתייחסים למעקב רב שנתי אחר תוצאות חקירת עבירות של חיילים כלפי פלשתינים בשטחי יהודה ושומרון מצביעים על ירידה משמעותית בשיעור הגשת כתבי האישום ביחס לשנים קודמות. רק 2.2% מתיקי החקירה שנפתחו בעקבות חשד לעבירות פליליות שביצעו חיילי צה"ל כלפי פלשתינים ורכושם בשנים 2010-2013 הביאו להגשת כתבי אישום. בארבע השנים האחרונות ירד שיעור כתבי האישום שהוגשו בחצי, וזאת בתקופה שכוללת את חקירות עופרת יצוקה ועמוד ענן.
בשנת 2013 נפתחו במצ"ח 199 חקירות בעקבות פגיעות בפלשתינים: 84% מהן נפתחו בעקבות אירועים אלימים (8% מקרי מוות ו-76% אירועי פציעה/אלימות). מתוך סך החקירות רק שש הניבו כתבי אישום נגד החיילים המעורבים.
לאחרונה החליט
ארגון בצלם לדחות את בקשתו של סא״ל רונן הירש, הפרקליט לעניינים מבצעיים בפרקליטות הצבאית, להעביר לצבא מידע על-אודות אירועים חריגים במבצע "צוק איתן". זאת, בניגוד למדיניות הארגון לאחר אירועי לחימה קודמים שניהלה ישראל ברצועת עזה. מן הארגון נמסר כי החלטה זו התקבלה בעקבות "התוצאות הדלות, בלשון המעטה, של החקירות שניהלה הפרקליטות הצבאית עד כה", כפי שניסחו זאת אנשי בצלם.
״בצלם סבור שחיוני לחקור את ההנחיות והפקודות שניתנו לכוחות הצבא ע"י הדרג המדיני והצבאי הבכיר, ובמיוחד חשדות בנוגע למדיניות תקיפה לא חוקית שהוכשרה מראש על-ידי הפרקליטות הצבאית", אמר מנכ"ל בצלם, חגי אלעד. לדבריו, לכאורה ברור לכולי עלמא שגוף לא יכול לחקור את עצמו, אבל גם הפעם צפוי הצבא לחקור את התנהלותו שלו במהלך ׳צוק איתן׳, וגם הפעם החקירות תתנהלנה ללא ביקורת חיצונית.
"להבדיל ממנגנוני הטיוח הקיימים, אם יוקם כעת מנגנון חקירה עצמאי לבחינת החשדות להפרת המשפט ההומניטרי הבינלאומי, שמטרתו תהיה גילוי האמת ונקיטת צעדים נגד האחראים - נברך על כך ונסייע מקצועית לחקירה רצינית כזו כמיטב יכולותינו המקצועיות״, ציין.